Bonjour,
"si le brin est complet en 5' ou en 3'" : Attention, c'est l'ORF identifié qui est complet ou incomplet en 5' et/ou en 3', et non le brin, ou fragment d'ADN.
- Complet ou incomplet en 3' : Là, il faut regarder si l'ORF identifié se termine ou non par un codon stop. Si le codon stop est présent dans l'ORF et termine votre ORF, la traduction de votre ORF en protéine (séquence juste en-dessous de celle de l'ORF considéré) se termine par une étoile : dans ce cas, votre ORF est complet en 3'. Par contre, si aucune étoile ne termine la traduction en protéine de votre ORF, alors le codon stop n'est pas présent, votre ORF est incomplet en 3', et se termine à cette coordonnée simplement parce que vous êtes à l'extrémité 3' de votre fragment d'ADN (dernier nucléotide du fragment d'ADN ou alors il n'y a plus suffisament de nucléotides après cette coordonée pour former un codon complet (seulement un ou deux nucléotides après cette position et la fin du fragment d'ADN)).
- Complet ou incomplet en 5' : Dans ce cas, il faut considérer la position de début de votre ORF : avez-vous suffisament de nucléotides en amont de cette position pour former au moins un codon complet ? Dans ce cas, si vous avez au moins un codon complet (voire plus) en amont de la position de début d'ORF, pourquoi, pour quelle raison ne peut-on pas étendre votre ORF en 5' ? Qu'est-ce qui empêche cette extension en 5' ? La présence d'un codon stop en amont. Par conséquent, si vous n'avez pas suffisamment de nucléotides en amont de la coordonnée de début de l'ORF pour former un codon complet (seulement un ou deux nucléotides), votre ORF est incomplet en 5', votre ORF débute à l'extrémité 5' du fragment d'ADN : dans ce cas, il faut évoquer les hypothèses sur la position du codon d'initiation de votre ORF (deux hypothèses possibles). Par contre, si votre ORF débute à partir de la position 4 du fragment d'ADN et au delà, votre ORF est forcément complet en 5' : dans ce cas, où se trouve forcément le codon d'inition de la traduction ? Et dans ce cas, vous pouvez réaliser une analyse de recherche d'ORF complémentaire, uniquement sur le brin et sur la phase de lecture qui vous intéresse, celle de l'ORF considéré, avec les codons d'initiation alternatifs, pour proposer un codon d'initiation potentiel. Attention, il ne s'agit dans un premier temps que d'une prédiction sur la position du codon d'initiation potentiel, et il faudra toujours discuter la position de ce codon d'initiation potentiel par rapport aux alignements de Blast et par rapport à l'alignement multiple.
Bon travail,
BW