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ORF contient des codon(s) STOP (*)! |
djcorse
30 Nov 2007 17:31
Contribution non évaluée |
notre ORF contient une 20aine de codon STOP pour le seul ORF present, ce qui nous empêche de continuer...
dans l'autre sens les ORF trouvés sont trop petits une 100 AA.
AIDEZ NOUS SVP
>ORF_XC23430 Traduction [3-848 sens indirect]
KLMSLVNN*MSI*EKMEFFSLSIQVLMLR*VAWQHVQLQAQWQLSMEPCEQLFLA*L*F*QMEI*LKLELEQKNLLQDII*QIYLLVQKEHWELLQKFN*
DCLQFQKV**VLSAIFLI*IQLF*LHKK*FSMELILQELKC*IKTKWK*V*NIQN*II*KLLQLFFLNFMVVKSQIKRQ*KL*KNYQKIMVEVILNGQSQ
LKKETNYGKRDMMFIIRSKL*ARI*KFIRQIYVFQFQN**SVFLGLRNMLKIMV**HQW*DM*EMVIFILLFCMIQMIKKNR
[ ERREUR ] ORF contient un(des) codon(s) STOP (*)!
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Brochier_BC07
30 Nov 2007 17:38
Maître de jeu |
Je ne comprends pas votre erreur car dans votre case ORF, vous avez une séquence correcte pour votre ORF. Ne vous êtes vous pas tout simplement trompé de brin en indiquant les coordonnées de votre ORF?
Céline Brochier |
djcorse
30 Nov 2007 18:06
Contribution non évaluée |
Non non, nous avons bien revérifié les coordonnées de notre ORF lorsque lon rentre 3 et 848 dans le sens indirect
on a bien pour erreur
[ ERREUR ] ORF contient un(des) codon(s) STOP (*)! |
Brochier_BC07
30 Nov 2007 18:18
Maître de jeu |
Je viens de refaire votre ORF finder et voici ce que j'obtiens.
>ORF number 1 in reading frame 2 on the reverse strand extends from base 2 to base 847.
CAAGCTAATGTCACTCGTAAACAATTAAATGAGTATCTAAGAGAAGATGGAGTTTTTTTC
CCTATCGATCCAGGTGCTGATGCTGCGTTAGGTGGCATGGCAGCATGTTCAGCTTCAGGC
ACAATGGCAGTTAAGTATGGAACCATGCGAACAGTTGTTTCTGGCTTAACTGTAGTTCTA
GCAAATGGAGATATAATTAAAACTGGAGCTAGAACAAAAAAATCTTCTGCAGGATATAAT
TTAACAAATTTATTTATTGGTTCAGAAGGAACACTGGGAATTATTACAGAAGTTCAATTA
AGATTGTCTCCAATTCCAGAAAGTATAATGAGTGCTGTCTGCTATTTTCCTGATCTAGAT
TCAGCTGTTCTAACTTCACAAGAAGTAATTCAGTATGGAGTTAATATTGCAAGAATTGAA
ATGTTAAATAAAGACCAAATGGAAATAAGTATAAAATATTCAAAATTAGATAATATAAAA
GCTTCTCCAACTCTTTTTTTTGAATTTCATGGTAGTGAAGAGTCAAATAAAGAGGCAATA
AAAATTGTAGAAGAATTATCAAAAAATAATGGTGGAAGTGATTTTAAATGGGCAGAGTCA
ATTGAAGAAAGAAACAAACTATGGAAAGCGAGACATGATGTTTATTATTCGGTCAAAGCT
TTAGGCAAGAATATGAAAGTTTATTCGACAGATATATGTGTTCCAATTTCAAAACTAGTA
GAGTGTGTTTCTTGGGCTGAGAAATATGTTAAAGATCATGGTTTGATAGCACCAATGGTA
GGACATGTAGGAGATGGTAATTTTCATTCTGTTATTTTGTATGATCCAAATGATAAAGAA
AAACAG
>Translation of ORF number 1 in reading frame 2 on the reverse strand.
QANVTRKQLNEYLREDGVFFPIDPGADAALGGMAACSASGTMAVKYGTMRTVVSGLTVVL
ANGDIIKTGARTKKSSAGYNLTNLFIGSEGTLGIITEVQLRLSPIPESIMSAVCYFPDLD
SAVLTSQEVIQYGVNIARIEMLNKDQMEISIKYSKLDNIKASPTLFFEFHGSEESNKEAI
KIVEELSKNNGGSDFKWAESIEERNKLWKARHDVYYSVKALGKNMKVYSTDICVPISKLV
ECVSWAEKYVKDHGLIAPMVGHVGDGNFHSVILYDPNDKEKQ
Ce qui ne correspond pas aux coordonnées de votre première analyse. Vous avez du faire une erreur de copier/coller la première fois.
Ce sont des choses qui arrivent fréquemment. Néanmoins essayer toutjours de reprendre l'analyse à 0 l'analyse pour essayer de débusquer le problème au lieu de rester bloqués sur le résultat...
Céline Brochier |
djcorse
30 Nov 2007 19:23
Contribution non évaluée |
merci infiniment je viens de le refaire apres une apres midi de folie en effet c bien une erreur de notre part dsl pour le derrangement |