Bonsoir,

Lors de la recherche de l'ORF, nous avions trouvé 2 ORF possibles : un ORF incomplet en 5' (de 726 nucléotides) et un ORF complet (de 711 nucléotides).
Nous avons choisi le plus grand et continué les annotations avec celui-ci jusqu'aux résultats de BLAST qui ont montré que le bon ORF était en fait l'ORF complet.

Du coup, pour la recherche des domaines protéiques et le BLAST, est-ce qu'on donne les résultats et l'interprétation pour les deux cas ou est-ce qu'on remplace nos annotations par les nouvelles ?

Merci d'avance

En fait, il s'agit du même ORF, sauf que puisque le codon STOP précédant votre ORF se trouve en amont de votre séquence, vous ne pouvez savoir grâce à ORF-finder seul si votre ORF commence au début de votre séquence (ce que vous trouvez en faisant la recherche any codon) ou à la première méthionine (codons alternatifs).
Lorsque vous faites le BLASTp, vous vous rendez effectivement compte que les protéines homologues commencent au niveau de la méthionine, et que donc, votre ORF commence surement elle aussi au niveau de la méthionine.
Dans ce cas, vous devez revenir sur vos résultats précédents et les changer en conséquence, en laissant bien les anciens résultats, mais en mettant qu'au vu des résultats du BLAST, vous mettez à jour votre séquence.

Bonne continuation,

Raphaël Bourgeas

Oui pardon c'est le même ORF, il s'agissait de la détermination de la séquence codante et non de l'ORF...

Merci beaucoup