Bonjour, j'ai effectué la recherche des ORF pour ma séquence <928 pb> (voir ci dessous) par SMS(ORF Finder),j'ai trouvé plusieurs ORF: 1)le plus long s'étend de la base 34 à la base 927 (cadre 1): >ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 34 to base 927. GTCTCCAGCAGGTTTAAAAGGTTGGTTCAGCGTGAGTTCATATCTTGCGTTTGCGCTCGC TTCCGCTCAACGGTTGGCGCATGTCCCCGATACGGGTACAGACGCCCAGGGATGCTCGCG CGTGCGCGTCGCGAGAAACTTGGGGCCATGCTAGAAACCGCTGAAATCTCCCCTGTCCTT GAGTCGAATGCCGATCCACGCCGTATAGCCCGCGCGCTCTACTGGCAGGGTTGGCGGGTC ACGTCGATCGCGCGTCATCTGGAAATCAAGCGCGCGACAGTCGAGGCATGGAAACAGCGC GACGAATGGGACAAGGCGACGCCGATCGAGCGCATCGAGTCGTCGTTAGAAACGCGGCTT GCGGTGCTGATTGCCAAGCCGGAAAAAGACGGCCGTGACTTCAAGGAGGTCGATTTGCTC ATGCGGCAGGTTGAGCGCATGGCACGTGTCCATAAGTACGGCGAAACAGGCAGGGAGAGC GATCTAAACCCAGCGATCAAGGCGCGTAACACGGTGCCGCGCAAGGCCAAGGCCATACGC AACGAATTCAGCGACGAGCAGCGCGACAGGATCGTCGAGGCCTTCCGGGATTCGCTGTTC GATTATCAGAAGGTCTGGTATCGCCAGCGCGATCAGCGCACCCGCAATATCCTGAAATCG CGGCAGATCGGCGCGACGTGGTATTTCGCCCGTGAGGCGCTGGTTGACGCTATCGAGACA GGTCGGAACCAGATTTTTCTATCGGCCAGCAAGGCACAGGCGCATGTGTTCCGGCAGTAC ATGTGCCAGTTTGCGCGCGAGGCCGCAGACGTTGACTTGACCGGCGAGCCCGATCTGTTT GCGAACGAGGCAATGCTTTACTTTTCTCGCACGAACGCCGCACCGCGCAGAGCT >Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand. VSSRFKRLVQREFISCVCARFRSTVGACPRYGYRRPGMLARARREKLGAMLETAEISPVL ESNADPRRIARALYWQGWRVTSIARHLEIKRATVEAWKQRDEWDKATPIERIESSLETRL AVLIAKPEKDGRDFKEVDLLMRQVERMARVHKYGETGRESDLNPAIKARNTVPRKAKAIR NEFSDEQRDRIVEAFRDSLFDYQKVWYRQRDQRTRNILKSRQIGATWYFAREALVDAIET GRNQIFLSASKAQAHVFRQYMCQFAREAADVDLTGEPDLFANEAMLYFSRTNAAPRRA 2)le 2ème s'étend de la base 55 à la base 927 (cadre 1) : >ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 55 to base 927. TTGGTTCAGCGTGAGTTCATATCTTGCGTTTGCGCTCGCTTCCGCTCAACGGTTGGCGCA TGTCCCCGATACGGGTACAGACGCCCAGGGATGCTCGCGCGTGCGCGTCGCGAGAAACTT GGGGCCATGCTAGAAACCGCTGAAATCTCCCCTGTCCTTGAGTCGAATGCCGATCCACGC CGTATAGCCCGCGCGCTCTACTGGCAGGGTTGGCGGGTCACGTCGATCGCGCGTCATCTG GAAATCAAGCGCGCGACAGTCGAGGCATGGAAACAGCGCGACGAATGGGACAAGGCGACG CCGATCGAGCGCATCGAGTCGTCGTTAGAAACGCGGCTTGCGGTGCTGATTGCCAAGCCG GAAAAAGACGGCCGTGACTTCAAGGAGGTCGATTTGCTCATGCGGCAGGTTGAGCGCATG GCACGTGTCCATAAGTACGGCGAAACAGGCAGGGAGAGCGATCTAAACCCAGCGATCAAG GCGCGTAACACGGTGCCGCGCAAGGCCAAGGCCATACGCAACGAATTCAGCGACGAGCAG CGCGACAGGATCGTCGAGGCCTTCCGGGATTCGCTGTTCGATTATCAGAAGGTCTGGTAT CGCCAGCGCGATCAGCGCACCCGCAATATCCTGAAATCGCGGCAGATCGGCGCGACGTGG TATTTCGCCCGTGAGGCGCTGGTTGACGCTATCGAGACAGGTCGGAACCAGATTTTTCTA TCGGCCAGCAAGGCACAGGCGCATGTGTTCCGGCAGTACATGTGCCAGTTTGCGCGCGAG GCCGCAGACGTTGACTTGACCGGCGAGCCCGATCTGTTTGCGAACGAGGCAATGCTTTAC TTTTCTCGCACGAACGCCGCACCGCGCAGAGCT >Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand. LVQREFISCVCARFRSTVGACPRYGYRRPGMLARARREKLGAMLETAEISPVLESNADPR RIARALYWQGWRVTSIARHLEIKRATVEAWKQRDEWDKATPIERIESSLETRLAVLIAKP EKDGRDFKEVDLLMRQVERMARVHKYGETGRESDLNPAIKARNTVPRKAKAIRNEFSDEQ RDRIVEAFRDSLFDYQKVWYRQRDQRTRNILKSRQIGATWYFAREALVDAIETGRNQIFL SASKAQAHVFRQYMCQFAREAADVDLTGEPDLFANEAMLYFSRTNAAPRRA 3)le 3ème ORF s'étend de la base 145 à la base 927 (cadre 1):mais ici avec ATG comme codon d’initiation: >ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 145 to base 927. ATGCTCGCGCGTGCGCGTCGCGAGAAACTTGGGGCCATGCTAGAAACCGCTGAAATCTCC CCTGTCCTTGAGTCGAATGCCGATCCACGCCGTATAGCCCGCGCGCTCTACTGGCAGGGT TGGCGGGTCACGTCGATCGCGCGTCATCTGGAAATCAAGCGCGCGACAGTCGAGGCATGG AAACAGCGCGACGAATGGGACAAGGCGACGCCGATCGAGCGCATCGAGTCGTCGTTAGAA ACGCGGCTTGCGGTGCTGATTGCCAAGCCGGAAAAAGACGGCCGTGACTTCAAGGAGGTC GATTTGCTCATGCGGCAGGTTGAGCGCATGGCACGTGTCCATAAGTACGGCGAAACAGGC AGGGAGAGCGATCTAAACCCAGCGATCAAGGCGCGTAACACGGTGCCGCGCAAGGCCAAG GCCATACGCAACGAATTCAGCGACGAGCAGCGCGACAGGATCGTCGAGGCCTTCCGGGAT TCGCTGTTCGATTATCAGAAGGTCTGGTATCGCCAGCGCGATCAGCGCACCCGCAATATC CTGAAATCGCGGCAGATCGGCGCGACGTGGTATTTCGCCCGTGAGGCGCTGGTTGACGCT ATCGAGACAGGTCGGAACCAGATTTTTCTATCGGCCAGCAAGGCACAGGCGCATGTGTTC CGGCAGTACATGTGCCAGTTTGCGCGCGAGGCCGCAGACGTTGACTTGACCGGCGAGCCC GATCTGTTTGCGAACGAGGCAATGCTTTACTTTTCTCGCACGAACGCCGCACCGCGCAGA GCT >Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand. MLARARREKLGAMLETAEISPVLESNADPRRIARALYWQGWRVTSIARHLEIKRATVEAW KQRDEWDKATPIERIESSLETRLAVLIAKPEKDGRDFKEVDLLMRQVERMARVHKYGETG RESDLNPAIKARNTVPRKAKAIRNEFSDEQRDRIVEAFRDSLFDYQKVWYRQRDQRTRNI LKSRQIGATWYFAREALVDAIETGRNQIFLSASKAQAHVFRQYMCQFAREAADVDLTGEP DLFANEAMLYFSRTNAAPRRA La recherche des séquences homologues par le Blastp de ces trois ORFs donne exactement les mêmes résultats (score , E-Values.....alignements 2 à 2...)( voir ci- dessous),j'ai constaté que le meilleur alignement s'aligne sur la totalité de l'ORF qui s'étend de la base 145 à la base 927: >ref|YP_004306879.1| gp35 [Burkholderia phage KS14] gb|ADP02380.1| gp35 [Burkholderia phage KS14] Length=604 Score = 391 bits (1004), Expect = 5e-107, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 193/256 (75%), Positives = 216/256 (84%), Gaps = 0/256 (0%) Query 1 MLARARREKLGAMLETAEISPVLESNADPRRIARALYWQGWRVTSIARHLEIKRATVEAW 60 MLARAR KL M+ETA+I+P LESNADPRRIARALYWQGWR+TS+A HL++KRATVEAW Sbjct 1 MLARARHAKLAGMIETADITPALESNADPRRIARALYWQGWRITSVAEHLQLKRATVEAW 60 Query 61 KQRDEWDKATPIERIESSLETRLAVLIAKPEKDGRDFKEVDLLMRQVERMARVHKYGETG 120 KQRDEWDKA PIERIESSLETRLAVLIAKP K G DFKE+DLL RQVER+ARV KYGETG Sbjct 61 KQRDEWDKAAPIERIESSLETRLAVLIAKPVKTGSDFKEIDLLGRQVERLARVRKYGETG 120 Query 121 RESDLNPAIKARNTVPRKAKAIRNEFSDEQRDRIVEAFRDSLFDYQKVWYRQRDQRTRNI 180 +ESDLNP I+ARN PRK KA RN+FSDEQ R+ EAF D F YQKVWYR QRTRNI Sbjct 121 KESDLNPNIEARNKAPRKEKAARNDFSDEQIARLHEAFLDCQFGYQKVWYRNGHQRTRNI 180 Query 181 LKSRQIGATWYFAREALVDAIETGRNQIFLSASKAQAHVFRQYMCQFAREAADVDLTGEP 240 LKSRQIGAT+YFAREAL DA++T RNQIFLSASKAQAHVF+ Y+ QFA EAA+V+LTG+P Sbjct 181 LKSRQIGATFYFAREALDDALQTARNQIFLSASKAQAHVFKSYIRQFAAEAAEVELTGDP 240 Query 241 DLFANEAMLYFSRTNA 256 + N A L F TN+ Sbjct 241 IILPNMAELIFLGTNS 256 Et on trouve les mêmes résultats avec les deux autres ORF(plus long et le moyen): Pour le plus long (34 à 927): ---------------------------- >ref|YP_004306879.1| gp35 [Burkholderia phage KS14] gb|ADP02380.1| gp35 [Burkholderia phage KS14] Length=604 Score = 391 bits (1004), Expect = 8e-107, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 193/256 (75%), Positives = 216/256 (84%), Gaps = 0/256 (0%) Query 38 MLARARREKLGAMLETAEISPVLESNADPRRIARALYWQGWRVTSIARHLEIKRATVEAW 97 MLARAR KL M+ETA+I+P LESNADPRRIARALYWQGWR+TS+A HL++KRATVEAW Sbjct 1 MLARARHAKLAGMIETADITPALESNADPRRIARALYWQGWRITSVAEHLQLKRATVEAW 60 Query 98 KQRDEWDKATPIERIESSLETRLAVLIAKPEKDGRDFKEVDLLMRQVERMARVHKYGETG 157 KQRDEWDKA PIERIESSLETRLAVLIAKP K G DFKE+DLL RQVER+ARV KYGETG Sbjct 61 KQRDEWDKAAPIERIESSLETRLAVLIAKPVKTGSDFKEIDLLGRQVERLARVRKYGETG 120 Query 158 RESDLNPAIKARNTVPRKAKAIRNEFSDEQRDRIVEAFRDSLFDYQKVWYRQRDQRTRNI 217 +ESDLNP I+ARN PRK KA RN+FSDEQ R+ EAF D F YQKVWYR QRTRNI Sbjct 121 KESDLNPNIEARNKAPRKEKAARNDFSDEQIARLHEAFLDCQFGYQKVWYRNGHQRTRNI 180 Query 218 LKSRQIGATWYFAREALVDAIETGRNQIFLSASKAQAHVFRQYMCQFAREAADVDLTGEP 277 LKSRQIGAT+YFAREAL DA++T RNQIFLSASKAQAHVF+ Y+ QFA EAA+V+LTG+P Sbjct 181 LKSRQIGATFYFAREALDDALQTARNQIFLSASKAQAHVFKSYIRQFAAEAAEVELTGDP 240 Query 278 DLFANEAMLYFSRTNA 293 + N A L F TN+ Sbjct 241 IILPNMAELIFLGTNS 256 Pour le Moyen (55 à 927): ------------------------ Score = 390 bits (1001), Expect = 1e-106, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 193/256 (75%), Positives = 216/256 (84%), Gaps = 0/256 (0%) Query 31 MLARARREKLGAMLETAEISPVLESNADPRRIARALYWQGWRVTSIARHLEIKRATVEAW 90 MLARAR KL M+ETA+I+P LESNADPRRIARALYWQGWR+TS+A HL++KRATVEAW Sbjct 1 MLARARHAKLAGMIETADITPALESNADPRRIARALYWQGWRITSVAEHLQLKRATVEAW 60 Query 91 KQRDEWDKATPIERIESSLETRLAVLIAKPEKDGRDFKEVDLLMRQVERMARVHKYGETG 150 KQRDEWDKA PIERIESSLETRLAVLIAKP K G DFKE+DLL RQVER+ARV KYGETG Sbjct 61 KQRDEWDKAAPIERIESSLETRLAVLIAKPVKTGSDFKEIDLLGRQVERLARVRKYGETG 120 Query 151 RESDLNPAIKARNTVPRKAKAIRNEFSDEQRDRIVEAFRDSLFDYQKVWYRQRDQRTRNI 210 +ESDLNP I+ARN PRK KA RN+FSDEQ R+ EAF D F YQKVWYR QRTRNI Sbjct 121 KESDLNPNIEARNKAPRKEKAARNDFSDEQIARLHEAFLDCQFGYQKVWYRNGHQRTRNI 180 Query 211 LKSRQIGATWYFAREALVDAIETGRNQIFLSASKAQAHVFRQYMCQFAREAADVDLTGEP 270 LKSRQIGAT+YFAREAL DA++T RNQIFLSASKAQAHVF+ Y+ QFA EAA+V+LTG+P Sbjct 181 LKSRQIGATFYFAREALDDALQTARNQIFLSASKAQAHVFKSYIRQFAAEAAEVELTGDP 240 Query 271 DLFANEAMLYFSRTNA 286 + N A L F TN+ Sbjct 241 IILPNMAELIFLGTNS 256 Ma première question est la suivante : ------------------------------------- Est ce que je dois prendre toujours l'ORF le plus long (34 à 927) sachant que les résultats d'alignement multiple montre que le codon "ATG" de l'ORF qui s'étend de la base 145 à la base 927 est le codon d'initiation le plus probable? Quand j'ai effectuée la recherche de domaines par l'InterproScan: j'ai trouvé toujours les mêmes résultats pour les 3 ORFs: Sequence_1 BE33E7AAA312D5C7 291 HMMPfam PF06056 Terminase_5 58 114 2.1e-24 T 06-Apr-2011 IPR010332 ATPase terminase subunit, putative Molecular Function: ATP binding (GO:0005524), Biological Process: viral capsid assembly (GO:0019069) Sequence_1 BE33E7AAA312D5C7 291 HMMPfam PF03237 Terminase_6 209 285 4.1e-13 T 06-Apr-2011 IPR004921 Bacteriophage terminase, large subunit Ces deux domaines non chevauchés un putatif pour terminase 5 (IPR010332: sans sans parent,ni enfant...) et le 2ème (IPR004921: sans parent,mais un enfant "IPR006517") pour terminase 6 : Ma 2ème question est la suivante: -------------------------------- Est ce que je dois prendre les deux domaines , c'est à dire y compris le domaine putatif?. MATI