Bonjour,
J'aimerais savoir sur quels autres  critères que:
- longueur d' ORF min 60 codons
-longueur d'ORF multiple de trois
on se base pour dire que un ORF est significatif ou insignifiant. Sachant que tous les ORF que nous aurons avec ORFinder auront forcément ces deux qualités, pourquoi nous demander si les ORF plus  courts paraissent  significatifs ? Et comment répondre à cette question?

Merci
Renée

Bonjour,

Cette question ne s'applique que si l'ORF que vous étudiez n'a d'homologue dans aucune banques de séquences. Il s'agit simplement de voir si d'autres ORF situées au même niveau dans le fragment d'ADN génomique (mais dans des cadres différents) pourraient être des vrais ORFs. Si la réponse à cette question est oui, allors cela peut indiquer l'ORF que vous avez étudié est en réalité un faux positif.

Céline Brochier

Bonjour,

  Etant donné que nous obtenons des séquences homologues dans certaines banques de données, nous n'avons pas à tenir compte de cette remarque. Est-ce exact?

Merci,
Renée et Jennifer

Bonjour,

Étant donné qu'avec la traduction de votre ORF vous avez trouvé des homologues uniquement dans le banque environnementale nucléique, cette question est très importante. Voir aussi des commentaires de BLAST.

Emese Meglecz

Bonjour,

je voudrais savoir si mon raisonnement est correct.Étant donné qu'avec la traduction de notre ORF, on a trouvé des homologues uniquement dans le banque environnementale nucléique nous regardons les autres ORF (comme il me l'a été demandé). Au vu de leur longueur, seul l'ORF présent sur le brin direct, dans le cadre de lecture 2, allant de la base 26 à 943 parrait significatif. De ce fait, j'ai réalisé un blastp contre la banque nr protéique avec cet ORF et là,  j'obtient des homologues avec des fonctions identiques à celles obtenues lors du Blastx. J'en conclu donc que j'ai fait ma première étude sur un faux positif. (est-ce correct) Maintenant que mon choix s'oriente sur un nouveau ORF, dois-je refaire les différentes analyses (domaines protéique, rapport taxonomique, alignement multiple et arbre). je pense que oui mais j'ai un doute.

Merci d'avance
Renée et Jennifer  

Bonjour,

Si vous avez travaillé sur un faux positif (parce que c'était 'ORF le plus long), alors vous ne devez surtout pas refaire les analyses (recherche de domaines, phylogénie, etc). Vous devez simplement expliquer (et justifier) à la fin de votre étude sur quels arguments vous vous appuyer pour dire que voter ORF était un faux positif.

Votre raisonnement à ce propos semble correct.

Céline Brochier

Merci pour votre réponse très rapide.

Cordialement
Rennée et jennifer