gp2PESENTI
1 Mar 2011 8:21
Contribution non évaluée |
Bonjour,
NCBI ORF FINDER comme ceci:
>lcl|Sequence 1 ORF:2..775 Frame -2
MIRTMHRYWIALTVVILSACTVTPRHDAGGSQAAASAATALPSWNDTATRRSIVDFVTLVTTPESKDFIA
RADRVAVFDNDGTLWPEQPASVQLVFALQRVKTVAGRHPEWKRQEPFRSILRGNLKSIAGSGDAGSMRVL
AAAHAGMTSDQFAALVHEWFDSASDPRFNRPYAELAYQPMLELLAYLRANGFRTYLVTGGDVEFVRDLAQ
RVYGIPPEQVIGSTVKYKYGQTNGAVTLTRLGQVDNLLDGAAKPLAID
Et l\'Annotathon comme cela:
>GOS_2100010 Translation [2-775 indirect strand]
KNFPPPLGFIAIPIAYF*YGLPVFLPGSYEST*RHLLSRMPGIEAAA*KSNRMGCNNHRTPLDWRSL*LRPTAFDEAFMIRTMHRYWIALTVVILSACTV
TPRHDAGGSQAAASAATALPSWNDTATRRSIVDFVTLVTTPESKDFIARADRVAVFDNDGTLWPEQPASVQLVFALQRVKTVAGRHPEWKRQEPFRSILR
GNLKSIAGSGDAGSMRVLAAAHAGMTSDQFAALVHEWFDSASDPRFNRPYAELAYQPM
Pourtant il me semble avoir rempli la page comme il faut, serait-ce un bug?
Merci.
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C_Brochier_11
1 Mar 2011 8:37
Maître de jeu |
Bonjour,
Le résultat que vous obtenez n'est pas surprenant et reflète simplement une différence de numérotation entre l'ORF finder du NCBI et celui de SMS. Pour les ORFs situées sur le brin indirect, celui du NCBI vous donne les coordonnées de votre ORF relativement au 5' du brin direct, alors que celui de SMS vous donne sa position relativement au 5' du brin indirect.
Pour l'annotathon vous devez fournir la numérotation relative au brin où est localisée l'ORF. Donc soit vous faites la conversion, soit vous passez par ORF finder de SMS.
Céline Brochier |