voici ma séquence :
GTCGTCGAGCTAGGTGGAGCTTTTTTTAACCCAGTTCTAATAATACTCAGTAAATTAGCCTTGCCAGTCCCATGCCACAATTCCCTGACATCTCCCAAAT
CTTTTTTGAAAGCCTTTGCCATCTGAGTAAAGGATACAACATAAATATTTTTAACTTTCAAATGGGAGCAAGCATGAGAAGAGTTAATAGAAGTCTGATA
TTTGCGTTTAATTCGTTCGAACTCCTTGTCATCTTCCAACAAATCTAAACCTACTTCAGGTTCCCCATCTTTAGAAATTATCTTCGCTGACTTTAAGCTC
GCTTCTAAAGAATCTAAAATGTCATTTTGTTTCTCTACCGACTCCTTATTTGGAAACAGTTGAGGCAAATTTATCTTCATTCCTACATTTTGAGGAATCA
ACCTTAAATATCCATTAGCAGCATTTTTTATACTTTTGTTCGTGTAATTGCTGTTTTTAACACTCTTTGAAATAGTCAAAAGCAAATCTCTAGCTTCATC
AATGGCATCCTGAGTCACAATACCCAGAGGCGTAGAAAAAGTTCCTTCACTGTAGGTAATATTAGTGCTGGACGTAATGGTATGTATGTTTGCTGAGACT
AATCTGTCCACAAGGTCTTGTAAAACAGGATTGCTCTTCTTGATTATTTCGTGGTGAGCTTTTGCAGGGGTAGAAGTGGACGCTTCTGCTAATTTTAATT
CAGCGTATCCCTTTTTAAGCTTCTCTTTCTTTTTCTTTTCTAGAAATTTCTCTCCTTTACCGGGAAAAAGTTTTGAGTCTTTAGTTTTGCCTACTCTCCC
CCATTCAGTCTCAACATCACCATTATCGAAAAGCCGACCAAACCAATACTTGTTTTTGTTATTGGTTA

j'ai fai

Bonjour,

Je ne comprends pas votre question. Elle n'aurait de sens que si vous précisiez ce que représente Expasy pour vous? et quels avantages voyez-vous à l'utiliser comparativement aux autres outils à votre disposition.

Céline Brochier

pardon ...la suit de mon message:
j'ai utilisé SMS pour les ORF,et j'ai trouvé ce ORF (plus long):
>ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 3 to base 866.
ACCAATAACAAAAACAAGTATTGGTTTGGTCGGCTTTTCGATAATGGTGATGTTGAGACT
GAATGGGGGAGAGTAGGCAAAACTAAAGACTCAAAACTTTTTCCCGGTAAAGGAGAGAAA
TTTCTAGAAAAGAAAAAGAAAGAGAAGCTTAAAAAGGGATACGCTGAATTAAAATTAGCA
GAAGCGTCCACTTCTACCCCTGCAAAAGCTCACCACGAAATAATCAAGAAGAGCAATCCT
GTTTTACAAGACCTTGTGGACAGATTAGTCTCAGCAAACATACATACCATTACGTCCAGC
ACTAATATTACCTACAGTGAAGGAACTTTTTCTACGCCTCTGGGTATTGTGACTCAGGAT
GCCATTGATGAAGCTAGAGATTTGCTTTTGACTATTTCAAAGAGTGTTAAAAACAGCAAT
TACACGAACAAAAGTATAAAAAATGCTGCTAATGGATATTTAAGGTTGATTCCTCAAAAT
GTAGGAATGAAGATAAATTTGCCTCAACTGTTTCCAAATAAGGAGTCGGTAGAGAAACAA
AATGACATTTTAGATTCTTTAGAAGCGAGCTTAAAGTCAGCGAAGATAATTTCTAAAGAT
GGGGAACCTGAAGTAGGTTTAGATTTGTTGGAAGATGACAAGGAGTTCGAACGAATTAAA
CGCAAATATCAGACTTCTATTAACTCTTCTCATGCTTGCTCCCATTTGAAAGTTAAAAAT
ATTTATGTTGTATCCTTTACTCAGATGGCAAAGGCTTTCAAAAAAGATTTGGGAGATGTC
AGGGAATTGTGGCATGGGACTGGCAAGGCTAATTTACTGAGTATTATTAGAACTGGGTTA
AAAAAAGCTCCACCTAGCTCGACG

>Translation of ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand.
TNNKNKYWFGRLFDNGDVETEWGRVGKTKDSKLFPGKGEKFLEKKKKEKLKKGYAELKLA
EASTSTPAKAHHEIIKKSNPVLQDLVDRLVSANIHTITSSTNITYSEGTFSTPLGIVTQD
AIDEARDLLLTISKSVKNSNYTNKSIKNAANGYLRLIPQNVGMKINLPQLFPNKESVEKQ
NDILDSLEASLKSAKIISKDGEPEVGLDLLEDDKEFERIKRKYQTSINSSHACSHLKVKN
IYVVSFTQMAKAFKKDLGDVRELWHGTGKANLLSIIRTGLKKAPPSST

j'ai constaté que Expasy donne directement des résultats (6 ORFS) faciles à analyser en rejetant directement les séquences qui contiennent les codons stops :

résultats Expasy:
5'3' Frame 1
V V E L G G A F F N P V L I I L S K L A L P V P C H N S L T S P K S F L K A F A I Stop V K D T T Stop I F L T F K W E Q A Stop E E L I E V Stop Y L R L I R S N S L S S S N K S K P T S G S P S L E I I F A D F K L A S K E S K Met S F C F S T D S L F G N S Stop G K F I F I P T F Stop G I N L K Y P L A A F F I L L F V Stop L L F L T L F E I V K S K S L A S S Met A S Stop V T I P R G V E K V P S L Stop V I L V L D V Met V C Met F A E T N L S T R S C K T G L L F L I I S W Stop A F A G V E V D A S A N F N S A Y P F L S F S F F F F S R N F S P L P G K S F E S L V L P T L P H S V S T S P L S K S R P N Q Y L F L L L V

5'3' Frame 2
S S S Stop V E L F L T Q F Stop Stop Y S V N Stop P C Q S H A T I P Stop H L P N L F Stop K P L P S E Stop R I Q H K Y F Stop L S N G S K H E K S Stop Stop K S D I C V Stop F V R T P C H L P T N L N L L Q V P H L Stop K L S S L T L S S L L K N L K C H F V S L P T P Y L E T V E A N L S S F L H F E E S T L N I H Stop Q H F L Y F C S C N C C F Stop H S L K Stop S K A N L Stop L H Q W H P E S Q Y P E A Stop K K F L H C R Stop Y Stop C W T Stop W Y V C L L R L I C P Q G L V K Q D C S S Stop L F R G E L L Q G Stop K W T L L L I L I Q R I P F Stop A S L S F S F L E I S L L Y R E K V L S L Stop F C L L S P I Q S Q H H H Y R K A D Q T N T C F C Y W L

5'3' Frame 3
R R A R W S F F Stop P S S N N T Q Stop I S L A S P Met P Q F P D I S Q I F F E S L C H L S K G Y N I N I F N F Q Met G A S Met R R V N R S L I F A F N S F E L L V I F Q Q I Stop T Y F R F P I F R N Y L R Stop L Stop A R F Stop R I Stop N V I L F L Y R L L I W K Q L R Q I Y L H S Y I L R N Q P Stop I S I S S I F Y T F V R V I A V F N T L Stop N S Q K Q I S S F I N G I L S H N T Q R R R K S S F T V G N I S A G R N G Met Y V C Stop D Stop S V H K V L Stop N R I A L L D Y F V V S F C R G R S G R F C Stop F Stop F S V S L F K L L F L F L F Stop K F L S F T G K K F Stop V F S F A Y S P P F S L N I T I I E K P T K P I L V F V I G

3'5' Frame 1
Stop P I T K T S I G L V G F S I Met V Met L R L N G G E Stop A K L K T Q N F F P V K E R N F Stop K R K R K R S L K R D T L N Stop N Stop Q K R P L L P L Q K L T T K Stop S R R A I L F Y K T L W T D Stop S Q Q T Y I P L R P A L I L P T V K E L F L R L W V L Stop L R Met P L Met K L E I C F Stop L F Q R V L K T A I T R T K V Stop K Met L L Met D I Stop G Stop F L K Met Stop E Stop R Stop I C L N C F Q I R S R Stop R N K Met T F Stop I L Stop K R A Stop S Q R R Stop F L K Met G N L K Stop V Stop I C W K Met T R S S N E L N A N I R L L L T L L Met L A P I Stop K L K I F Met L Y P L L R W Q R L S K K I W E Met S G N C G Met G L A R L I Y Stop V L L E L G Stop K K L H L A R R

3'5' Frame 2
N Q Stop Q K Q V L V W S A F R Stop W Stop C Stop D Stop Met G E S R Q N Stop R L K T F S R Stop R R E I S R K E K E R E A Stop K G I R Stop I K I S R S V H F Y P C K S S P R N N Q E E Q S C F T R P C G Q I S L S K H T Y H Y V Q H Stop Y Y L Q Stop R N F F Y A S G Y C D S G C H Stop Stop S Stop R F A F D Y F K E C Stop K Q Q L H E Q K Y K K C C Stop W I F K V D S S K C R N E D K F A S T V S K Stop G V G R E T K Stop H F R F F R S E L K V S E D N F Stop R W G T Stop S R F R F V G R Stop Q G V R T N Stop T Q I S D F Y Stop L F S C L L P F E S Stop K Y L C C I L Y S D G K G F Q K R F G R C Q G I V A W D W Q G Stop F T E Y Y Stop N W V K K S S T Stop L D D

3'5' Frame 3
T N N K N K Y W F G R L F D N G D V E T E W G R V G K T K D S K L F P G K G E K F L E K K K K E K L K K G Y A E L K L A E A S T S T P A K A H H E I I K K S N P V L Q D L V D R L V S A N I H T I T S S T N I T Y S E G T F S T P L G I V T Q D A I D E A R D L L L T I S K S V K N S N Y T N K S I K N A A N G Y L R L I P Q N V G Met K I N L P Q L F P N K E S V E K Q N D I L D S L E A S L K S A K I I S K D G E P E V G L D L L E D D K E F E R I K R K Y Q T S I N S S H A C S H L K V K N I Y V V S F T Q Met A K A F K K D L G D V R E L W H G T G K A N L L S I I R T G L K K A P P S S T

la dernière séquence (indirect dépourvu de codons stop ) correspond directement à mon choix sur SMS .

pardon ...la suit de mon message:\r\nj\'ai utilisé SMS pour les ORF,et j\'ai trouvé ce ORF (plus long): \r\n>ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 3 to base 866.\r\nACCAATAACAAAAACAAGTATTGGTTTGGTCGGCTTTTCGATAATGGTGATGTTGAGACT\r\nGAATGGGGGAGAGTAGGCAAAACTAAAGACTCAAAACTTTTTCCCGGTAAAGGAGAGAAA\r\nTTTCTAGAAAAGAAAAAGAAAGAGAAGCTTAAAAAGGGATACGCTGAATTAAAATTAGCA\r\nGAAGCGTCCACTTCTACCCCTGCAAAAGCTCACCACGAAATAATCAAGAAGAGCAATCCT\r\nGTTTTACAAGACCTTGTGGACAGATTAGTCTCAGCAAACATACATACCATTACGTCCAGC\r\nACTAATATTACCTACAGTGAAGGAACTTTTTCTACGCCTCTGGGTATTGTGACTCAGGAT\r\nGCCATTGATGAAGCTAGAGATTTGCTTTTGACTATTTCAAAGAGTGTTAAAAACAGCAAT\r\nTACACGAACAAAAGTATAAAAAATGCTGCTAATGGATATTTAAGGTTGATTCCTCAAAAT\r\nGTAGGAATGAAGATAAATTTGCCTCAACTGTTTCCAAATAAGGAGTCGGTAGAGAAACAA\r\nAATGACATTTTAGATTCTTTAGAAGCGAGCTTAAAGTCAGCGAAGATAATTTCTAAAGAT\r\nGGGGAACCTGAAGTAGGTTTAGATTTGTTGGAAGATGACAAGGAGTTCGAACGAATTAAA\r\nCGCAAATATCAGACTTCTATTAACTCTTCTCATGCTTGCTCCCATTTGAAAGTTAAAAAT\r\nATTTATGTTGTATCCTTTACTCAGATGGCAAAGGCTTTCAAAAAAGATTTGGGAGATGTC\r\nAGGGAATTGTGGCATGGGACTGGCAAGGCTAATTTACTGAGTATTATTAGAACTGGGTTA\r\nAAAAAAGCTCCACCTAGCTCGACG\r\n\r\n>Translation of ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand.\r\nTNNKNKYWFGRLFDNGDVETEWGRVGKTKDSKLFPGKGEKFLEKKKKEKLKKGYAELKLA\r\nEASTSTPAKAHHEIIKKSNPVLQDLVDRLVSANIHTITSSTNITYSEGTFSTPLGIVTQD\r\nAIDEARDLLLTISKSVKNSNYTNKSIKNAANGYLRLIPQNVGMKINLPQLFPNKESVEKQ\r\nNDILDSLEASLKSAKIISKDGEPEVGLDLLEDDKEFERIKRKYQTSINSSHACSHLKVKN\r\nIYVVSFTQMAKAFKKDLGDVRELWHGTGKANLLSIIRTGLKKAPPSST\r\n\r\nj\'ai constaté que Expasy donne directement des résultats (6 ORFS) faciles à analyser en rejetant directement les séquences qui contiennent les codons stops :\r\n \r\nrésultats Expasy: \r\n5\'3\' Frame 1\r\nV V E L G G A F F N P V L I I L S K L A L P V P C H N S L T S P K S F L K A F A I Stop V K D T T Stop I F L T F K W E Q A Stop E E L I E V Stop Y L R L I R S N S L S S S N K S K P T S G S P S L E I I F A D F K L A S K E S K Met S F C F S T D S L F G N S Stop G K F I F I P T F Stop G I N L K Y P L A A F F I L L F V Stop L L F L T L F E I V K S K S L A S S Met A S Stop V T I P R G V E K V P S L Stop V I L V L D V Met V C Met F A E T N L S T R S C K T G L L F L I I S W Stop A F A G V E V D A S A N F N S A Y P F L S F S F F F F S R N F S P L P G K S F E S L V L P T L P H S V S T S P L S K S R P N Q Y L F L L L V\r\n\r\n5\'3\' Frame 2\r\nS S S Stop V E L F L T Q F Stop Stop Y S V N Stop P C Q S H A T I P Stop H L P N L F Stop K P L P S E Stop R I Q H K Y F Stop L S N G S K H E K S Stop Stop K S D I C V Stop F V R T P C H L P T N L N L L Q V P H L Stop K L S S L T L S S L L K N L K C H F V S L P T P Y L E T V E A N L S S F L H F E E S T L N I H Stop Q H F L Y F C S C N C C F Stop H S L K Stop S K A N L Stop L H Q W H P E S Q Y P E A Stop K K F L H C R Stop Y Stop C W T Stop W Y V C L L R L I C P Q G L V K Q D C S S Stop L F R G E L L Q G Stop K W T L L L I L I Q R I P F Stop A S L S F S F L E I S L L Y R E K V L S L Stop F C L L S P I Q S Q H H H Y R K A D Q T N T C F C Y W L\r\n\r\n5\'3\' Frame 3\r\nR R A R W S F F Stop P S S N N T Q Stop I S L A S P Met P Q F P D I S Q I F F E S L C H L S K G Y N I N I F N F Q Met G A S Met R R V N R S L I F A F N S F E L L V I F Q Q I Stop T Y F R F P I F R N Y L R Stop L Stop A R F Stop R I Stop N V I L F L Y R L L I W K Q L R Q I Y L H S Y I L R N Q P Stop I S I S S I F Y T F V R V I A V F N T L Stop N S Q K Q I S S F I N G I L S H N T Q R R R K S S F T V G N I S A G R N G Met Y V C Stop D Stop S V H K V L Stop N R I A L L D Y F V V S F C R G R S G R F C Stop F Stop F S V S L F K L L F L F L F Stop K F L S F T G K K F Stop V F S F A Y S P P F S L N I T I I E K P T K P I L V F V I G\r\n\r\n3\'5\' Frame 1\r\nStop P I T K T S I G L V G F S I Met V Met L R L N G G E Stop A K L K T Q N F F P V K E R N F Stop K R K R K R S L K R D T L N Stop N Stop Q K R P L L P L Q K L T T K Stop S R R A I L F Y K T L W T D Stop S Q Q T Y I P L R P A L I L P T V K E L F L R L W V L Stop L R Met P L Met K L E I C F Stop L F Q R V L K T A I T R T K V Stop K Met L L Met D I Stop G Stop F L K Met Stop E Stop R Stop I C L N C F Q I R S R Stop R N K Met T F Stop I L Stop K R A Stop S Q R R Stop F L K Met G N L K Stop V Stop I C W K Met T R S S N E L N A N I R L L L T L L Met L A P I Stop K L K I F Met L Y P L L R W Q R L S K K I W E Met S G N C G Met G L A R L I Y Stop V L L E L G Stop K K L H L A R R\r\n\r\n3\'5\' Frame 2\r\nN Q Stop Q K Q V L V W S A F R Stop W Stop C Stop D Stop Met G E S R Q N Stop R L K T F S R Stop R R E I S R K E K E R E A Stop K G I R Stop I K I S R S V H F Y P C K S S P R N N Q E E Q S C F T R P C G Q I S L S K H T Y H Y V Q H Stop Y Y L Q Stop R N F F Y A S G Y C D S G C H Stop Stop S Stop R F A F D Y F K E C Stop K Q Q L H E Q K Y K K C C Stop W I F K V D S S K C R N E D K F A S T V S K Stop G V G R E T K Stop H F R F F R S E L K V S E D N F Stop R W G T Stop S R F R F V G R Stop Q G V R T N Stop T Q I S D F Y Stop L F S C L L P F E S Stop K Y L C C I L Y S D G K G F Q K R F G R C Q G I V A W D W Q G Stop F T E Y Y Stop N W V K K S S T Stop L D D\r\n\r\n3\'5\' Frame 3\r\nT N N K N K Y W F G R L F D N G D V E T E W G R V G K T K D S K L F P G K G E K F L E K K K K E K L K K G Y A E L K L A E A S T S T P A K A H H E I I K K S N P V L Q D L V D R L V S A N I H T I T S S T N I T Y S E G T F S T P L G I V T Q D A I D E A R D L L L T I S K S V K N S N Y T N K S I K N A A N G Y L R L I P Q N V G Met K I N L P Q L F P N K E S V E K Q N D I L D S L E A S L K S A K I I S K D G E P E V G L D L L E D D K E F E R I K R K Y Q T S I N S S H A C S H L K V K N I Y V V S F T Q Met A K A F K K D L G D V R E L W H G T G K A N L L S I I R T G L K K A P P S S T \r\n\r\nla dernière séquence (indirect dépourvu de codons stop ) correspond directement à mon choix sur SMS .\r\n

C'est une bonne observation. Dans votre cas l'interprétation est facile puisque vous avez un ORF qui fait toute la longueur de votre fragment.
Dans les autres cas, l'interprétation peut être plus délicate car les longueurs des ORFs ne sont pas mentionnées de manière explicite. De même les coordonnées des ORFs (sur la séquence nucléique) ne sont apparemment pas mentionnées.

Céline Brochier

bonjour,
On peut considérer que cet ORF code potentiellement à une protéine :64 aa avec codon stop à la fin( voir ci-dessous):
>ORF number 1 in reading frame 3 on the direct strand extends from base 54 to base 248.
ATTAGCCTTGCCAGTCCCATGCCACAATTCCCTGACATCTCCCAAATCTTTTTTGAAAGC
CTTTGCCATCTGAGTAAAGGATACAACATAAATATTTTTAACTTTCAAATGGGAGCAAGC
ATGAGAAGAGTTAATAGAAGTCTGATATTTGCGTTTAATTCGTTCGAACTCCTTGTCATC
TTCCAACAAATCTAA

>Translation of ORF number 1 in reading frame 3 on the direct strand.
ISLASPMPQFPDISQIFFESLCHLSKGYNINIFNFQMGASMRRVNRSLIFAFNSFELLVI
FQQI*

meme question pour cet ORF suivant:64 aa avec codon initial 'gtc'
>ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 676 to base 867.
GTGGACGCTTCTGCTAATTTTAATTCAGCGTATCCCTTTTTAAGCTTCTCTTTCTTTTTC
TTTTCTAGAAATTTCTCTCCTTTACCGGGAAAAAGTTTTGAGTCTTTAGTTTTGCCTACT
CTCCCCCATTCAGTCTCAACATCACCATTATCGAAAAGCCGACCAAACCAATACTTGTTT
TTGTTATTGGTT

>Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand.
VDASANFNSAYPFLSFSFFFFSRNFSPLPGKSFESLVLPTLPHSVSTSPLSKSRPNQYLF
LLLV

Bonjour,

Où est votre question??? Si il n'y en a pas, ce n'est pas la peine de poster sur le forum.

Céline Brochier

bonjour,
pardon j'ai mélangé un peu les choses.