meljess
8 Feb 2011 19:00
Contribution non évaluée |
Bonjour,
J'ai réalisé la recherche d'ORF en utilisant "codon alternatif" puis "any codon" et je me retrouve avec quasiment le double d'ORF proposés. Au départ je comptais sélectionner celui avec "codon alternatif" du cadre -2 mais en faisant avec "any codon" j'en ai un nouveau qui apparait et qui est beaucoup plus grand( le premier ORF du cadre +3). Du coup je suis partie sur celui ci mais en faisant la recherche de domaines protéiques avec interpro, apparemment il n'y en aurait pas.
Est ce que vous pourriez donc me dire si je suis partie sur le bon ORF et si jamais c'est le cas est ce que je lis bien les résultats d'interpro qui me disent que je n'ai pas de domaine protéique?
Merci |
E_Meglecz_11
10 Feb 2011 11:13
Maître de jeu |
Bonjour,
Le règle du jeu est claire, vous devez choisir l'ORF putatif le plus long. Donc, vous avez fait le bon choix.
En effet, Interpro trouve qu'une domaine transmembranaire. Cela ne vous renseigne pas sur la fonction de votre protéine, mais au moins vous avez une idée sur la localisation de protéine.
Emese Meglecz |