hi all

Quand je fais un ORF finder avec SMS en cadre +3 sur le brin reverse, il me sort des séquences complètement dubitatives (voir ci dessous). Est-ce à ce moment là que je suis sensé "sélectionner" l'ORF le plus long (et donc sélectionner l'ORF en rouge)?

SMS me sort pleins d'ORF en +1 +2 +3 sur le brin reverse, ça me semble un peu bizarre car pour les bactéries a priori il n'y aurait qu'un ORF possible par cadre de lecture...

à par si c'est un virus je ne vois aucune explication...





ORF Finder results
Results for 1023 residue sequence "Untitled" starting "TAGAGGCTTG"

>ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 114 to base 365.
TTGCCCAAGTCTATAAATTTTACAATCTTCATTCCTGCGCTTGATGCTTGCGTTTGTACA
TCCCTTATTTGCAGTTTTTGCATTGCCTGTGCCAACTTTCGCAGAAGTGCTAGGATTCAT
GCCAGCGCCGCCCGCGCTTCGTTCAATTGGCGGTGTGCCCATCGGAGACATCATTGCATT
ATTAAGCAGTGGATGATCTTCAAATTCAATTTTATACACATTAGCTTCTTCGTATTTCTT
TTCAGATTTTAA

>Translation of ORF number 1 in reading frame 3 on the reverse strand.
LPKSINFTIFIPALDACVCTSLICSFCIACANFRRSARIHASAARASFNWRCAHRRHHCI
IKQWMIFKFNFIHISFFVFLFRF*

>ORF number 2 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 462 to base 575.
AGATGCGCCCTGAAGTCCCATGTTAAATGGAATGGTACCATGTATCTGTCCGTGTCCTGC
TTGCGTTTGCGGACAAACACATTCACATCGATAAACTACTTTCGTATCTTCTAA

[color=red]>Translation of ORF number 2 in reading frame 3 on the reverse strand.
RCALKSHVKWNGTMYLSVSCLRLRTNTFTSINYFRIF*[/color]

>ORF number 3 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 663 to base 770.
TATTTGTTTTCCTTTCTCATCATAACCGTAAAAGCGTATTACCATCAGATAGATTTGATT
TACTGGATTAAAGTTTTCGATGTTATGTTCTTTGGCGTGTGTTACTGA

>Translation of ORF number 3 in reading frame 3 on the reverse strand.
YLFSFLIITVKAYYHQIDLIYWIKVFDVMFFGVCY*

>ORF number 4 in reading frame 3 on the reverse strand extends from base 801 to base 899.
TCCCATTGGCTCAGTAACAGTAAATTTTGCTTCAAACGTATTTTGTGGACCACCAGTTGC
AGTGCCAGCGATATAGCTTTGAAGCTGTATGTCATCTAA

>Translation of ORF number 4 in reading frame 3 on the reverse strand.
SHWLSNSKFCFKRILWTTSCSASDIALKLYVI*

J'ai essayé en 60 codons de longueurs, ça me donne de meilleurs résultats, a priori mon plus long ORF serait le suivant :

ORF Finder results
Results for 1023 residue sequence "GOS_2035010 ADN génomique (North American East Coast: Newport Harbor, RI)" starting "TAGAGGCTTG"

>ORF number 1 in reading frame 2 on the direct strand extends from base 2 to base 1006. AGAGGCTTGGAGTTGCTGATACAAAGCGGCGGCGCTGATACAGGGTCAGCAGATGATGGC CCAGTTGACAATCGACGCAACTTTGGCGCGGTGCGAAATAAGTTTTTCACCCGCGACTTC TATTTAGATGACATACAGCTTCAAAGCTATATCGCTGGCACTGCAACTGGTGGTCCACAA AATACGTTTGAAGCAAAATTTACTGTTACTGAGCCAATGGGATTAACGTTTATGGAACGA CTATATAATGCGTCAGTAACACACGCCAAAGAACATAACATCGAAAACTTTAATCCAGTA AATCAAATCTATCTGATGGTAATACGCTTTTACGGTTATGATGAGAAAGGAAAACAAATA TTAAATGGCAAGTTTGACGATACCTCAGATCCAAATTCTTATATTGAAAAATGGATTCCG ATAATGATACGAAGTCTTCAGTTTACTTTAGAAGATACGAAAGTAGTTTATCGATGTGAA TGTGTTTGTCCGCAAACGCAAGCAGGACACGGACAGATACATGGTACCATTCCATTTAAC ATGGGACTTCAGGGCGCATCTTTAAAAGAATTGCTAGTCGGTCCAACTGACATAAAACCG GGCGGCGGCACTGTCACCCGAGGACTTGTAGAGGCACTCAATGCTCACCAGCAACAATTA AAATCTGAAAAGAAATACGAAGAAGCTAATGTGTATAAAATTGAATTTGAAGATCATCCA CTGCTTAATAATGCAATGATGTCTCCGATGGGCACACCGCCAATTGAACGAAGCGCGGGC GGCGCTGGCATGAATCCTAGCACTTCTGCGAAAGTTGGCACAGGCAATGCAAAAACTGCA AATAAGGGATGTACAAACGCAAGCATCAAGCGCAGGAATGAAGATTGTAAAATTTATAGA CTTGGGCAATTAGATCAAGTACCTTTATGGCTAAGCAGTATAGGAAAATTAATGATGCGA ATAAAAATGAAACTAGCTTTAAGCCAGATCCAGAAAACCACTTAA >Translation of ORF number 1 in reading [colour=red]frame 2 on the direct strand. RGLELLIQSGGADTGSADDGPVDNRRNFGAVRNKFFTRDFYLDDIQLQSYIAGTATGGPQ NTFEAKFTVTEPMGLTFMERLYNASVTHAKEHNIENFNPVNQIYLMVIRFYGYDEKGKQI LNGKFDDTSDPNSYIEKWIPIMIRSLQFTLEDTKVVYRCECVCPQTQAGHGQIHGTIPFN MGLQGASLKELLVGPTDIKPGGGTVTRGLVEALNAHQQQLKSEKKYEEANVYKIEFEDHP LLNNAMMSPMGTPPIERSAGGAGMNPSTSAKVGTGNAKTANKGCTNASIKRRNEDCKIYR LGQLDQVPLWLSSIGKLMMRIKMKLALSQIQKTT* [/colour]

Il me donne un ORF qui n'existe même pas dans la séquence de base !!! :s
bizarre ce programme...

J\'ai essayé en 60 codons de longueurs, ça me donne de meilleurs résultats, a priori mon plus long ORF serait le suivant :\r\n\r\nORF Finder results\r\nResults for 1023 residue sequence \"GOS_2035010 ADN génomique (North American East Coast: Newport Harbor, RI)\" starting \"TAGAGGCTTG\"\r\n\r\n>ORF number 1 in reading frame 2 on the direct strand extends from base 2 to base 1006. AGAGGCTTGGAGTTGCTGATACAAAGCGGCGGCGCTGATACAGGGTCAGCAGATGATGGC CCAGTTGACAATCGACGCAACTTTGGCGCGGTGCGAAATAAGTTTTTCACCCGCGACTTC TATTTAGATGACATACAGCTTCAAAGCTATATCGCTGGCACTGCAACTGGTGGTCCACAA AATACGTTTGAAGCAAAATTTACTGTTACTGAGCCAATGGGATTAACGTTTATGGAACGA CTATATAATGCGTCAGTAACACACGCCAAAGAACATAACATCGAAAACTTTAATCCAGTA AATCAAATCTATCTGATGGTAATACGCTTTTACGGTTATGATGAGAAAGGAAAACAAATA TTAAATGGCAAGTTTGACGATACCTCAGATCCAAATTCTTATATTGAAAAATGGATTCCG ATAATGATACGAAGTCTTCAGTTTACTTTAGAAGATACGAAAGTAGTTTATCGATGTGAA TGTGTTTGTCCGCAAACGCAAGCAGGACACGGACAGATACATGGTACCATTCCATTTAAC ATGGGACTTCAGGGCGCATCTTTAAAAGAATTGCTAGTCGGTCCAACTGACATAAAACCG GGCGGCGGCACTGTCACCCGAGGACTTGTAGAGGCACTCAATGCTCACCAGCAACAATTA AAATCTGAAAAGAAATACGAAGAAGCTAATGTGTATAAAATTGAATTTGAAGATCATCCA CTGCTTAATAATGCAATGATGTCTCCGATGGGCACACCGCCAATTGAACGAAGCGCGGGC GGCGCTGGCATGAATCCTAGCACTTCTGCGAAAGTTGGCACAGGCAATGCAAAAACTGCA AATAAGGGATGTACAAACGCAAGCATCAAGCGCAGGAATGAAGATTGTAAAATTTATAGA CTTGGGCAATTAGATCAAGTACCTTTATGGCTAAGCAGTATAGGAAAATTAATGATGCGA ATAAAAATGAAACTAGCTTTAAGCCAGATCCAGAAAACCACTTAA >Translation of ORF number 1 in reading [color=red]frame 2 on the direct strand. RGLELLIQSGGADTGSADDGPVDNRRNFGAVRNKFFTRDFYLDDIQLQSYIAGTATGGPQ NTFEAKFTVTEPMGLTFMERLYNASVTHAKEHNIENFNPVNQIYLMVIRFYGYDEKGKQI LNGKFDDTSDPNSYIEKWIPIMIRSLQFTLEDTKVVYRCECVCPQTQAGHGQIHGTIPFN MGLQGASLKELLVGPTDIKPGGGTVTRGLVEALNAHQQQLKSEKKYEEANVYKIEFEDHP LLNNAMMSPMGTPPIERSAGGAGMNPSTSAKVGTGNAKTANKGCTNASIKRRNEDCKIYR LGQLDQVPLWLSSIGKLMMRIKMKLALSQIQKTT* [/color]\r\n\r\nIl me donne un ORF qui n\'existe même pas dans la séquence de base !!! :s\r\nbizarre ce programme...

Salut broth,

Pourquoi tu as pas pris le plus grand cadre de lecture?
Pourquoi penses-tu que la séquence est dubitative?

Pour info il peut y avoir plusieurs ORFs dans le cadre de lecture mais pas sur la même région d'ADN, et la pour une région donnée tu choisis l'ORF la plus probable c'est-à-dire pour le moment la plus longue.

Peace

PS: Dans SMS ORF finder il faut toujours sélectionner les cadres 1, 2 et 3 d'un coup (juste au cas ou).