Re,

Pour le numéro de la dernière base avant le codon stop, j'ai mis 952 vu que l'ORF s'arrête à la position 955.

Et il me dit [ Warning ] 3' incomplete: following codon is not a STOP

--> ??

>GOS_2035030 Translation [230-952   direct strand]
MRITIELKKNVNSDLVISDLYKKTSLQTNFGAIFLALIDGKPVQLSLKEYLKQFLEFREITVLKRTKHFLELTEEKLEILQGFALAVKNIKRIIEIVQNS
ENTIEAKSSLEQKLNLTSKQSNAVLSMPIKKLTNLERIQIDQNIIDLKVKKESLSKILNERTVLLNILEEELKSLKDKYNTKRSTKIVKNINIDDENKVI
NKQILNELINNKAKISIDNKFNIKNLLINNYKKLIENDNKL

[ Warning ] 3' incomplete: following codon is not a STOP

Êtes-vous certain, que vous avez un codon STOP à la fin de votre ORF?
ORFfinder indique le dernier codon de votre séquence s'il ne trouve pas de codon STOP. Regardez la traduction de votre ORF pour trancher.

Par ailleurs, si annotathon vous donne un message en vert, c’est seulement à titre indicatif. Par contre, si c’est rouge, vous avez sûrement fait une erreur.
  

Et est-ce que pour le moment je dois ne rien mettre dans la case "position of last nucleotide before STOP codon" du coup?

Et est-ce que pour le moment je dois ne rien mettre dans la case \"position of last nucleotide before STOP codon\" du coup?

Bonjour,

Vous devez réfléchir et suivre le conseil de ma collègue. Comparez votre séquence nucléique avec votre séquence protéique, regardez bien la fin de vos séquences et vous trouverez.

Céline Brochier

J'ai déterminé que le codon stop est "après" (en 3') de ma séquence. Voila pourquoi j'ai supposé qu'il fallait que je fasse ça.
Je ne suis pas sur la bonne voie?

Re,

- Quelle est la position des nucléotides qui codent pour le K et le L qui occupent la dernière position de votre séquence protéique? Comparez ces informations avec celles que vous avez introduites dans l'annotathon.

- Quel est le codon suivant celui qui code pour le L. Regardez la position des nucléotides et ce pour quoi code ce codon.

Céline Brochier

- de 946 à 952. J'ai comparé: c'est la même chose...

- ATT -> Ile... (je ne prends pas l'autre brin en compte)
  position: 953, 954, 955...

Ca ne change pas mon hypothèse...  ':/

Merci pour votre aide en tout cas

Sinon il n'y a que moi qui poste ou quoi là? Vous écrivez par mail les autres?

Bonjour,

voici notre séquence:  GOS_2034010.15

Nous sélectionnons l'ORF présente sur le brin indirect du cadre de lecture n°3 allant du nucléotide 564 et incomplète en 3'. De plus, en comparant la séquence nucléotidique à la séquence protéique nous constatons que l'ORF débute par ATG (START), or lors de l'enregistrement des données l'annotathon nous indique que notre ORF ne commence pas par une méthionine. Pouvez-vous nous orienter pour que l'on puisse savoir si notre ORF est bonne ?

Bonjour,

Avez-vous coché la case 'sens indirect' en mettant les coordonnées de votre ORF?
SI le problème ne vient de là, re-poser la question à partir de votre séquence, que je puisse regarder votre cas de plus près.

Cordialement,

Emese Meglecz

Oui nous avons bien coché la case sens indirect.
Nous avons également noté la position du premier nucléotide qui est 564.
Ors en dessous en rouge l'annotathon inscrit         "Fin ORF doit être un entier compris entre 564 et 989" et nous ne comprenons pas pourquoi car notre ORF est bien incomplète en 3'.
Merci

Bonjour,

Je ne peux pas voir votre annotation si vous ne postez pas la question à partir de votre séquence. Sans voir de votre séquence/annotation je ne peux pas vous aider.

Emese Meglecz

Oui nous avons noté la référence de notre séquence au dessus :   GOS_2034010.15

Bonjour,

Même si votre ORF est incomplet, vous devez impérativement renseigner les cases début et fin d'ORF. Si votre ORF est incomplet pour l'une ou l'autre de ses extrémités (ou les deux), il faut quand même indiquer le numéro du premier ou dernier nucléotide. Ce ne sera pas réellement le premier ou dernier nucléotide de l'ORF mais cela indiquera au programme que tous les nucléotides compris dans cet intervalle font partie de votre ORF.

Cordialement

Céline Brochier

Bonjour,

Vous n'avez pas rempli la case de dernière position de dernière codon sur votre ORF. Même, si se codon n'est pas suivi par un codon STOP (car la séquence n'est pas assez longue) il faut remplir cette case.

Emese Meglecz