bonjour dans ma séquence quand je fais la recherche avec tous les codons alternatifs de ma méthionine il me trouve une séquence qui commence a 481 et fini a 897.Quand je rentre dans statue les coordonnées de mon ORF il me dit que ma séquence ne posséde pas de méthionine qu'elle est imcomplete en 5'.
DU coup je comprend pas??
merci d'avance

Bonjour,

tout d'abord, si l'annotathon vous informe que votre ORF ne commence pas par une méthionine c'est tout simplement parce qu'elle ne commence pas par une méthionine, je vous invite à aller regarder le premier AA de votre protéine.

Par contre, je ne comprends pas votre explication sur votre façon de procéder pour la rechercher d'un codon d'initiation. Pouvez vous être plus clair svp?

Bonne annotation.
C. Petitjean

comme l'orf trouvé ne se trouve pas en début de séquence sa veux dire que l'on vois le codon stop.donc on fait une recherche avec cette fois les codons alternatifs pour trouvé le codon d'initiation qui ce trouve dans l'orf .
ORF finder me trouve un codon alternatif de la méthionine puisque il me donne avec cette recherche cette ORF,donc je suppose que ca doit être un codon qui code pour la méthionine si non il n'y serait pas !?
MERCI

Bonjour,

tout d'abord, je vous demanderai un petit effort sur la syntaxe et l'orthographe de vos messages, vous êtes sur un forum de travail.

En ce qui concerne votre séquence.
Le début de votre ORF est défini par le codon stop que vous trouvé en milieux de séquence.
Sur cette ORF(open reading frame = Phase ouverte de lecture), vous avez fait une recherche de codon d'initiation.
Un codon d'initiation est un codon qui permettre un départ de traduction.
On connait différents codons d'initiation possibles: AUG, le plus courant, codant dans le code génétique universel pour une methionine, mais aussi GUG, CUG et UUG et, codant, dans le code génétique universel, respectivement pour la leucine et la valine. On sait que certaines bactéries utilisent ces codons dans certains cas, comme codon d'initiation et incorpore une methionine start à la place de l'AA codé par le code génétique universel.

Quand vous demandez à ORFfinder de trouver un codon d'initiation en utilisant les 4 codons alternatifs, il va trouver le premier de ces codons présents sur votre séquence, et définir ce codon comme codon d'initiation.
Ensuite il traduit votre ORF à partir de ce codon, dans le code génétique que vous lui avez indiqué, en général, le code génétique universel.

Comprenez vous d'où peut venir le problème?


sur ce, je vous renvoi à une petite recherche internet sur le sujet, et à l'observation de votre séquence, si l'annotathon vous dis que votre ORF ne commence pas par une méthionine, c'est simplement par ce que le premier AA n'est PAS une methionine!

Bonne annotation.

C. Petitjean