Bonjour,

J'aimerai avoir quelques eclaircissements concernant le fonctionnement d'ORF finder.
En fait, il me semble que ORF finder, lorsque l'on demande de faire une recherche avec any codons,
détermine les ORFs en cherchant des codons stop. Est-ce éxact ?

Si tel est le cas, j'ai une intérogation concernant mon choix d'ORF sur ma 2eme séquence.

En fait, lors d'une première recherche avec "any codons" (brin inverse), on trouve un ORF de 333 à 863.
Lors d'une autre recherche avec cette fois comme critère "codon ATG" (toujours brin inverse), l'ORF est de même taille, alors que l'on voit clairement qu'il commence par un ATG.

En vous remerciant d'avance.

Bonjour,

Un ORF potentiel pour ORF finder est délimité par (i) deux codons stop en phase, (ii) le début de la séquence et un stop, (iii) une stop et la fin de la séquence ou (iv) toute la séquence. Une fois ces deux bornes déterminées, ORF finder regarde si la région à l'intérieur est compatible avec les paramètres fixés par l'utilisateur, comme par exemple la taille minimale de l'ORF ou le type de codon d'initiation.

Dans votre cas, cela signifie donc que le premier codon de votre cadre ouvert de lecture est un ATG, vous le détecterez donc quelque soit le type de codon d'initiation choisi (ATG, alternatif oy any).

Cordialement,

Céline Brochier

Bonjour,

Oui, vous avez raison ORF finder avec 'any codon' localise les codons stop. Dans votre fragment il a trouvé un à position 330, et comme il 'y a pas d'autre codon STOP dans le même cadre en aval et le reste de votre séquence et plus longue que 180 bases, il vous a affiché un ORF  partir de position 333. Cela en principe peut être n'importe quel codon. Dans votre cas, par hasard, c'est justement un Met. Donc, quand vous refaites l'analyse avec ATG comme codon d'initiation, il localise le première Met après le STOP à position 330, ce qui est le première codon de votre ORF trouvé par 'any codon'.

Cordialement,

Emese Meglecz