Bonjour, 

Je ne comprend comment on sais si notre ORF est complet ou non en 3' et 5'. Je ne trouve pas le même résultat faisant la méthode avec le schéma qui résume les différentes positions des ORF et avec la méthode où l'on remplie les données dans annotathon et ça nous dit qi c'est complet ou non et si il y a un codon stop.

Par ailleurs faut il dans le tableau résumé des ORF, indiqué la position de fin avec le codon STOOP et donc prendre en compte le codon STOP dans la taille de l'ORF ou l'enlevé ?

Merci d'avance pour votre aide 

Pauline Mahieu

Bonjour,

5’ :  Le message en vert « [ Pour info ] 5' incomplet: ne commence pas par une Méthionine » est seulement un avertissement que l’ORF ne commence pas par un Met. Ceci est tout à fait normal, car vous avez fait une recherche d’ORF avec l’option « any codon », ce qui fait que l’ORF finder ne cherche pas une méthionine pour commencer l’ORF, mais n’importe quel codon qui se situe soit au début de la séquence (moins de 3 bases de début), soit immédiatement après un codon-STOP. Si le premier codon de l’ORF se trouve au début de la séquence (moins que 3 bases après le début), alors l’ORF est probablement incomplet. Au cas contraire, il y a un codon-STOP juste avant le début de l’ORF, donc il est complet. Dans ce cas, vous allez pouvoir déterminer le début réel de l’ORF à l’étape de l’alignement multiple.

3’ : C’est très simple : Si à la fin de traduction de l’ORF il y a un codon-STOP (marqué par *), alors l’ORF est complet. Sinon, c’est incomplet.
Si l’ORF se termine par un codon-stop, il faut donner la dernière position de l’ORF avant le codon-STOP dans le champ ‘Fin ORF’ de l’Annotathon. 
Pour le tableau 1, laissez les positions données pas ORFfinder. Pour la taille de l’ORF en aa, il est plus cohérent d’enlever le codon-STOP (car ce n‘est pas un aa), mais je ne suis pas à cheval sur ce point.

Bon travail,
Emese Meglecz