Bonjour 

Lorsque j'ai fait ma recherche d'ORF j'ai trouvé 15 ORF potentiels .Pourtant, après le Blastp il s'avère que un seul d'entre eux est connu et que les 14 autres sont des faux positifs .Est-ce un problème ?Auquel cas je dois tout recommencer ...

Merci beaucoup 

Bonne journée

Rebonjour

Je me permets d'ajouter une précision supplémentaire :mon ORF dont les homologues sont connus n'est pas complet en 5'.Cela est-il problématique pour la suite ?

Merci d'avance .

Yael

Bonjour,

L’ORF codant couvre presque la totalité de votre séquence. Il est donc logique que les autres soient des faux positives et ceci ne pose aucun problème. Tant que vous avez un ORF dans la séquence qui correspond aux critères suivants, vous pouvez travailler avec :

-    Meilleur hit max 95% identité (c’est un seuil arbitraire, mais obligatoire)
-    >1000 d’homologues (ce n’est pas un seuil obligatoire) avec des fonctions connues
-    Assez long (> 150 aa idéalement)

L’ORF peut être incomplet, ceci ne nous empêche pas de faire des analyses.

Bon travail,
Emese Meglecz