|
Fonction |
Ampen-sarah
20 Mar 2021 16:14
Non evaluated contribution |
Bonjour,
En recherchant les homologues sur NCBI de l'ORF3, je me suis aperçu qu'il y a autant de fonction connu que de fonction hypothétique. Dois-je dire que cet ORF est Novel ou Known.
Cordialement
|
Meglecz20CTES
21 Mar 2021 12:05
Game master |
Bonjour Sarah,
Copiezles résultats dans l’annotathon pourque je puisse vous aider.
Cordialement,
Emese Meglecz
|
Ampen-sarah
22 Mar 2021 14:32
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Je vous envois la séquence de l'ORF3 que j'ai copié/collé dans Blastp ci-dessous, il y a 4808 homologues au total.
>Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the reverse strand.
YDNDREPHFLVWAVKGKHGAPLQRIQIIKGWIDTNSGRPVEMVYDVVCSDGLVVDPITHR
CPDNNAKVDINTCKISDDVGAVELKAKWQDPEFRSTDNAFYYVRVLENPTCRWSTWDAIK
AGYKPRKDLHSTIQERAWSSPIWYVPEDDGFDIIPLGGTISLRD
|
Meglecz20CTES
22 Mar 2021 20:38
Game master |
Bonjour Sarah,
Vous avez soit ‘hypothetical protein’, soit ‘DUF3604 domain-containing protein’. Ce dernier indique qu’on a détecté un domaine protéique de fonction inconnue (https://pfam.xfam.org/family/DUF3604). DUF : Domain of Unknown Function.
Vous pouvez donc classer l’ORF comme novel.
Bon travail,
Emese Meglecz
|
Ampen-sarah
26 Mar 2021 17:23
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Je vous remercie beaucoup pour votre réponse.
Cordialement
|