Bonjour,

Je tombe parfois sur des ORF dont la longueur n'est pas tout à fait la même entre les résultats de SMS ORF Finder et NCBI ORF Finder. Par exemple, j'ai ici une séquence de 1016 nl de long avec un ORF qui se termine à la base 1014 (selon SMS) ou 1016 (selon NCBI).

D'une manière générale, à moins que je ne comprenne pas correctement les résultats, dès qu'un ORF commence ou se termine à moins de 4 paires de bases d'une extrémité de séquence, NCBI considère qu'il est incomplet alors que SMS non.

Dois-je dans ce cas considérer que l'ORF se termine par un stop, ou non ? Si je fais un BLAST rapide, j'ai l'impression que NCBI a raison de dire qu'il est tronqué, voyez cet exemple :

Rectification : je viens de voir dans SMS que la protéine traduite ne se terminait pas non plus par un STOP. Les deux sites sont donc d'accord sur le fait que l'ORF n'est pas complet, mais dois-je dans ce cas lui attribuer une longueur de 1014 ou de 1016 nucléotides ?

Merci pour votre réponse sur Zoom, le problème venait bien de la conversion entre les numérotations de NCBI et de SMS. Si je convertis les valeurs de NCBI par rapport au brin indirect, je n'ai plus de différence.

 :)