Bonjour Mme, 
Nous avons réalisé l'ensemble de nos résultats bruts et au moment de réaliser l'analyse de la partie recherche d'ORF, j'ai constaté que nous avions choisi une ORF complète en 5' et une analyse plus poussée au niveau du codon d'initiation était possible, que j'ai fait et qui nous fait passer de notre séquence en AA avec anycodon à une avec un codon d'initiation ATG avec deux AAs en moins. Ainsi devons-nous recommencer l'ensemble de l'analyse de données pour refaire tous les résultats bruts à partir de cette nouvelle séquence en AAs dépourvue de seulement les deux premiers AAs ? Car nous avons regardé la différence de l'analyse par BLAST par exemple, il ne s'agit que de petites différentes au niveau des E-values, qui comme elles sont très très petites (de l'ordre de 1e-150) les différentes ne sont pas vraiemnt significatives.. 


Merci d'avance pour votre réponse, 

Cordialement, 

Rosalie PRAT 

Bonjour,

Dans un souci de cohérence du travail, il vaudrait mieux, effectivement, relancer toutes les analyses avec la séquence avec laquelle vous travaillez effectivement.

Ca ne changera rien pour votre analyse des résultats. Les seules choses qui vont changer sont les coordonnées du domaine protéique sur la protéine putative, les coordonnées sur les alignements de blast, sur l'alignement multiple...

Bien cordialement,

BW

Bonjour,

Nous avons réalisés la recherche d'ORF avec les paramètres any codon et codon d'initiation alternatif. Nous obtenons deux ORFs de tailles différentes. Grâce aux recherches BLAST nous avons pus savoir qu'il est incomplet en 5' (alignement avec les différents homologue). Je me demande alors quel ORF choisir ( any codon ou condon d'initiation )

En vous remerciant,

Cordialement,

KHALLEF Sami

Bonjour,

"Nous avons réalisés la recherche d'ORF avec les paramètres any codon et codon d'initiation alternatif."

==> cf règles du jeu : vous commencez toujours par le paramètre "Any codon" pour avoir l'ORF le plus long possible.

==> L'analyse avec les codons d'initiation alternatifs ne doit pas se faire systématiquement, cela dépend de votre ORF :

- Si l'ORF est incomplet en 5', où se trouve le codon d'initiation potentiel ? 2 hypothèses à mentionner. Dans ce cas, la recherche avec le paramètre codons d'initiation alternatifs est inutile, parce que dans ce cas, vous éliminez d'office une des deux hypothèses ! Dans ce cas, il faut donc travailler avec l'ORF le plus long possible, et conclure sur la position du codon d'initiation potentiel avec les alignements de blast et alignement multiple.

- Si l'ORF est complet en 5', où se trouve le codon d'initiation potentiel ? 1 seule hypothèse dans ce cas, il faut alors faire l'analyse avec le paramètre codons d'initiation alternatifs pour proposer un codon d'initiation potentiel (attention, ce n'est qu'une prédiction. A discuter aussi / aux alignements de blast et multiple).

- "Nous obtenons deux ORFs de tailles différentes."

==> il s'agit du même ORF, simplement avec un codon d'initiation différent, un codon de début différent (parce que vous avez utilisé des paramètres différents pour la recherche d'ORF), ce qui explique la différence de taille de cet ORF.

Bon travail,

BW