Bonjour,

vous nous avez dit que notre ORF n'était pas la bonne, pourtant elle respecte les conditions des règles du jeu. Une deuxième ORF était potentiellement utilisable mais lors des séances de TD, vous nous avez affirmé que nous avions choisi la bonne ORF. On se retrouve déboussolé maintenant et on penserait a tout refaire en prenant la deuxième ORF.

Caractéristiques des deux ORFs : cadre de lecture 1 (pour les deux) dans le sens indirect avec codon alternatif

ORF1 : 166aa mais pas d'IPR (faux positif ?)
ORF2 : 108aa mais deux entrées IPR.

On se retrouve dans la configuration ou soit l'on prend la plus longue mais sans domaines homologues ou bien une ORF beaucoup plus courte (passe a peine les 100aa) mais qui nous donne 2 domaines

Merci de votre réponse, cordialement.
SoMe

Bonjour,

Je confirme, vous n'avez pas travaillé sur le BON ORF.
>"mais lors des séances de TD, vous nous avez affirmé que nous avions choisi la bonne ORF."
Il est IMPOSSIBLE qu'on vous ait dit cela en TD, ou alors vous avez mal compris ce qu'on vous a dit.
Car le choix NE SE FAIT PAS entre les ORFs :
- ORF1 : 166aa mais pas d'IPR (faux positif ?)
- ORF2 : 108aa mais deux entrées IPR.

L'erreur est ailleurs :
- revoyez votre correction :
==> Vous décrivez les résultats bruts mais ne faites pas d'interprétation. Quel ORF avez vous choisi ? Pourquoi ?
==> Pourquoi avoir pris l'ORF commencant avec les codons alternatifs et pas ceux commençant avec "any codons" ? Pourtant, lorsque l'ORF commençant avec "any codons" début à moins de trois paire de bases du début de la séquence, on ne peut pas savoir si le premier codon alternatif trouvé par la recherche des codons alternatifs est bien un codon d'initiation.
- Les règles du jeu et FAQ
- ET les autres postes dans le forum à ce sujet là.

Bon travail
Bénédicte Wirth

Je continue sur ce topic même si la question n'est pas vraiment approprié.

Lors de mon Blast vs NR_env, le logiciel a trouvé 32 séquences. En étudiant les chiffres, j'ai considéré que les 16 premières séquences étaient homologues, or le GBlock a cassé cette hypothèse puisque je n'ai trouvé que 8% de domaines conservés, j'ai alors décidé de supprimer des séquences pour garder uniquement les plus proches, je suis passé des 16 premières séquences aux 7 premières et alors qu'on voit d'après les chiffres Blast qu'elles sont homologues, et après GBlock + optimisation des paramètres, je trouve...15% (score de 58 sur 322)

Je pense pas que ce soit un très bon pourcentage/score, j'aimerais avoir votre avis la dessus
Cordialement
SoMe

Bonjour,

Si vous avez aussi peu de positions conservées, c'est parce que vous avez des séquences plus courtes, qui génèrent des gaps dans l'alignement multiple, or, les positions contenant des gaps ne sont pas gardées par GBlocks. Au lieu de passer des 16 séquences aux 7 qui ont les meilleures e-values, vous devriez repartir des 16 séquences, et juste enlever celles qui sont trop courtes en 5' ou 3'.

Bonne continuation

Raphaël

Ok merci bien :)

Cordialement
SoMe