Bonjour,

Après une recherche d'ORF par SMS et NCBI, nous déterminons que notre ORF est un ORF de 334 aa incomplet en 5'(donc encore plus long que 343aa en réalité), cependant après un blastp contre NR, nous n'obtenons que très peu de hits et aucuns homologues (pareil contre swissprot). Donc la question qui vient tout de suite à l'esprit, c'est est-ce que notre ORF ne serait pas un faux-positif, cependant vu la taille, ça semble difficile à croire...comment pourrions nous trancher sans prendre trop de risque de se tromper ?

PS : après une recherche dans la banque environementale, nous observons quelques homologues (pas beaucoup et ne s'étendant que sur une maximum 70% de la séquence) ce qui nous amène à penser que si des homologues existent dans l'environnement, l'ORF n'est pas un faux positif.

Merci d'avance

Rémi

Bonsoir,

Ces questions ont déjà été abordées de multiples fois et votre question montre que vous avez la réponse (ou des arguments pour initier une discussion). Il n'existe pas de méthode infaillible pour discriminer un faux positif de grande taille d'un vrai positif qui n'a pas (ou peu d'homologues) connus à ce jour.

Bien cordialement,

Céline Brochier