Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: Problème au niveau de la recherche d'ORF

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Problème au niveau de la recherche d'ORF
dragonballz
10 Mar 2010 22:16
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Nous rencontrons un problème au niveau de la recherche d'ORF de notre séquence proposée.
En effet, lorque nous utilisons ORFinder le résultat nous indique sans discussion possible que l'ORF le plus probable de notre sequence renfermerait 995pb.
Or, quand je remplis les cases correspondant au statut on m'indique une erreur: un codon stop serait présent dans le cadre de lecture ce qui est contradictoire avec la definition d'un ORF.
Cela signifierait donc que je devrais changer d'ORF ?
Dans l'attente d'une reponse.
Cordialement.
vincent
10 Mar 2010 23:25
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Salut,tu a bien mis dans ton début d'ORF : 3
et ta fin d'ORF: 995 (la fin de ton ORF moins les 3 bases du codon stop)
Je pense que ca vien de ca...
R_bourgeas_10
11 Mar 2010 9:39
Game master
Effectivement, vous avez mis que votre ORF débutait au nucléotide 3 et se finnissait au nucléotide 998. De ce fait, le codon stop est compris dans ton ORF. Il suffit d'enlever 3 à 998 pour que ce problème disparaisse (de 3 à 995).
Cordialement,
Raphaël.
dragonballz
11 Mar 2010 10:12
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Merciiiii