Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Interprétation du résultat

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Interprétation du résultat
lorguais
30 Mar 2009 16:15
Contribution non évaluée
Bonjour,
Après avoir effectué deux BLASTp (un contre nr l'autre contre environmental)nous obtenons les résultats suivant:
-Contre nr nous avons une e value minimum de 3,8  
-contre environmental la evalue minimum est de 8e-25 et les résultats correspondent tous à des "hypothetical protein".
Dans ce cas doit-on continuer notre analyse sur cette séquence ou doit-on directement conclure sans analyse taxonomique.

Merci d'avance
Meglecz09
31 Mar 2009 15:24
Maître de jeu
Bonjour,

Premièrement vous devez traité la question si les hits observés sont homologues ou pas.
Ensuite, utilisant uniquement des homologues, vous pouvez

1- Décrire vos résultats & discuter de leur sens (abondance des homologues dans des organismes non cultivés...)
2- Vous pouvez envisager de réaliser un alignement multiple avec ces séquences environnementales et même faire une analyse phylogénétique. De cette analyse phylogénétique vous ne pourrez pas déduire d'affiliation taxonomique, mais au moins discuter de l'abondance et de la conservation de cette séquence.
Sur la base de l'alignement multiple, vous pourrez en outre préciser (ou pas) la position de votre codon d'initiation

Cordialement,

Emese Meglecz
lorguais
31 Mar 2009 20:48
Contribution non évaluée
Bonjour,

J'ai lu avec attention votre réponse, cependant n'ayant eu qu'une séance de TD/TP je ne sais pas vraiment quand on doit considérer que nos hits sont homologues ou non même si je regarde les alignements 2 à 2. Donc est-il possible d'avoir de nouvelles informations sur le sujet.

Merci
Bergogne Magali
Aggoun_Quan
3 Apr 2009 16:25
Contribution non évaluée
Bonjour,

Malgré les indications des règles du jeux je n'arrive à trouver où chercher pour renseigner des champs suivants:
-Gene
- NCBI identifiant ou nom spécifique

Cordialement                    (Madi,Aggoun,Quan)
Meglecz09
15 Apr 2009 14:04
Maître de jeu
Bonjour,

Le champ Gene est à remplir seulement, si vous avez trouvé des homologues bien caractérisés. Certains gènes ont un identifiant court par exemple: INS pour l'insuline. Vous pouvez le trouver dans la ligne de définition de format fasta.

Vous pouvez trouver l'identifiant numérique NCBI d'un taxon dans TaxBrowser de NCBI.

Cordialement,

Emese Meglecz
Brochier09
15 Apr 2009 16:42
Maître de jeu
Bonjour,

Vous pouvez trouver aussi le symbole du gène dans les fiches d'homologues provenant de swissprot. En effet, si le gène a été très étudié alors il a très probablement des homologues présents dans cette banque de séquences.

Cordialement

Céline Brochier