Bonjour nous avons sélectionné l'ORF le plus long obtenu sur brin indirect. Nous obtenons un ORF de 539 pb accompagné d'une traduction mais le premier codon ne correspond à aucun codon start et lorsque nous réalisons un blast nous obtenons des homologues qui s'alignent SUR TOUTE LA LONGUEUR. Il est donc difficile de savoir si le début des homologues correspond à un codon start ou s'il s'agit simplement d'un alignement entre séquences homologues CONTENUES DANS UN ORF SANS EXTREMITE
Comment déterminer le premier et le dernier codon, et donc obtenir la traduction sans avoir pour message que le fragment est incomplet aux 2 extrémités ?
fragment concerné : GOS_791010.14

En vous remerciant d'avance pour vos conseils.

Bonjour,

Si vous utiliser any codon, ORF finder détermine seulement, si la distance entre deux codon STOP dans un carde donné est suffisamment long (min. 60 aa). Si oui, il donne comme début d’ORF hypothétique soit le premier codon qui suit le codon STOP précédent (option a), soit la première codon du fragment si il n’y a pas de codon STOP en amont dans votre fragment (option b). Dans l’option a (ce qui est votre cas), cette ORF n’a pas de sens biologique, donc il faut vérifier si vous trouvez un vrai codon d’initiation à l’intérieur de votre l’ORF hypothétique (dans le même cadre, bien sûre).  Vous avez fait cette analyse (manip 4), ce que donne :

>ORF number 2 in reading frame 2 on the reverse strand extends from base 272 to base 805.

Donc il est préférable de modifier la position d’initiation de votre ORF.

Pour trouver des homologues et pour pouvoir ajuster plus précisément votre OFR, vous avez fait un blast contre SWISSPROT et un contre la banque environnemental. Est-ce justifié ? Vous avez beaucoup de hits contre swissprot, et en tout probabilité vous aurez aussi en nr. Ces banques sont loin plus informatives que la banque environnementale. Je vous suggère de faire un BLAST contre nr et de refaire l’alignement avec des séquences obtenu dans swissprot et nr. Cela va probablement résoudre votre problème d’alignements trop longs.

Bon travail,

Emese Meglecz

Nous avions le même problème, ORF sans codon d'initiation ni codon STOP, et donc en voyant ce message dans le forum j'ai refais la recherche d'ORF en cherchant un codon start dans la sequence et dans le meme cadre de lecture, j'en ai trouvé un . Le probleme est l'inverse que pour "catnat" , maintenant que j'ai trouvé un codon start et que j'ai changé la position d'initiation de mon ORF, je ne trouve que des homologues sur toute la longueur, alors qu'avant non .
Fragment concerné: GOS_805020.19

Dois je récuperer mon ancien fragment ou garder le fragment commençant par le codon start ?

Merci d'avance

Bonjour,

Avez-vous vérifié si les homologues que vous avez récupérés commencent bien au même position que le codon d'initiation de votre fragment?

Cordialement,

Emese Meglecz