Bonjour,

Le rapport taxonomique avec un niveau de classification 5 n'indique qu'une seule espèce pour le groupe d'étude (Candidatus Pelagibacterales), ce rapport est-il pertinent ou serait-il plus judicieux d'utiliser le niveau de classification 4 et prendre Alphaproteobacteria comme groupe d'étude ?

Merci d'avance pour votre aide.

Florentin

Bonjour,

C’est embêtant, car L’Evaleur de Pelagibacterales est tellement mieux que les autres, que ça sera dommage de passer à côté de ce groupe d’étude. De plus, si vous élargissez le groupe d’étude, les différentes classes de proteobacteria risquent de se mélanger.

Quelques solutions possibles :

1. Tentez la BDD UniRef90 sur Uniprot https://www.uniprot.org/blast en espérant qu’il y aura en peu plus de séquences de Pelagibacterales.
2. Gardez vos tableaux actuels basés sur Ref_seq, mais pour les analyses phylogénétiques complétez votre JDD des séquences en utilisant blast contre NCBI nr. 
3. a.    Faites un BLAST supplémentaire dans NCBI-nt en limitant le BLAST aux Pelagibacterales (entrez Pelagibacterales dans la case ‘Organism’ dans le formulaire de BLAST). Le but ici, c’est de trouver des séquences homologues de Pelagibacterales supplémentaires. 
   b.    Utilisez l’ancien TaxReport (https://annotathon.org/outils/blast_tax_report2.php) pour accéder aux séquences de NCBI-nt (cet outil est assez lent). Alternativement, vous pouvez télécharger des séquences de Pelagibacterales supplémentaires un par un en format fasta, en utilisant les liens vers les fiches protéiques (dernière colonne de tableau des hits). Comme il vous faut que quelques séquences supplémentaires, c’est faisable. 
   c.    Ajoutez des séquences supplémentaires aux séquences que vous sélectionnez à partir de Ref-seq, et construisez l’arbre.
4. Éventuellement, vous pouvez faire l’arbre uniquement avec le JDD que vous avez en ce moment, mais c’est frustrant. Il faut que vous soyez extrêmement prudent à l’interprétation, et discutez des erreurs potentielles que vous avez avec cet arbre et son interprétation.

Votre cas est à la fois compliqué et facile. Mais en tout cas c’est intéressant.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci pour votre réponse rapide !

Le Blast contre la BDD UniRef90 m'offre plus de séquences de Pelagibacterales (6 au total) mais le % d'identité avec l'homologue le plus proche est de 97%, l'ORF ne respecte alors plus les règles de l'exercice.

Je m'aperçois aussi que le Blastp contre Ref_seq ne ressort que des homologues ayant la même fonction et celui avec SwissProt ne trouve aucun homologue à la séquence. Je ne pense pas avoir fait d'erreur lors du paramétrage des Blast.

Pensez-vous que l'ORF reste intéressant à étudier ?

Florentin

Si vous avez le courage de trouver une autre séquence, faites-le, mais vu la date tardive, on peut faire une entorse à la règle de max. 95% identité. Utilisez donc le résultat de UniRef90.

Swissprot sert uniquement à trouver des homologues bien annotés. Ce n’est pas très grave si vous n’avez pas de hit swissProt. Utilisez les informations fonctionnelles trouvées dans UniRef90 ou dans RefSeq