Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: souci d'enracinement et de noms

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souci d'enracinement et de noms
odessaH
23 Nov 2023 15:12
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Madame bonjour, 

Je n'arrive pas à trouver l'enracinement correct de mon arbre. Serait il possible de m'aiguiller ?

Egalement, je rencontre un souci avec les noms qui ne s'affichent pas en entier (il faut donc se référer aux raccourcis)

En vous remerciant d'avance

Meglecz23-4CTES
23 Nov 2023 16:09
Game master

Bonjour,


En effet il faudra raccourcir les noms, car u=on ne peut pas se repérer dans l’arbre. Par exemple, vous pouvez remplacer ‘Bacteria;Proteobacteria;Alphaproteobacteria’ par BPA dans chaque noms.
Après je vais pouvoir vous guider pour l’enracinement.

 

Bon travail,
Emese Meglecz

odessaH
23 Nov 2023 20:17
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Bonjour, 

Je viens de modifier tout cela et j'ai fait un arbre qui me semble approprié, mais je ne suis pas sure. En vous remerciant d'avance

Meglecz23-4CTES
23 Nov 2023 20:29
Game master

Bonjour,


Parfait !
Identifiez le nœud qui est le dernier ancêtre commun (le plus récent) des toutes les séquences de groupe extérieure.
Prenez une séquence de chacune de deux branches qui en descendent, pour désigner ce nœud. Cela va placer la racine entre ce noeud et les autres séquences (groupe d’étude).

 

Bon travail,
Emese Meglecz

odessaH
23 Nov 2023 21:40
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Bonjour, 

c'est ce que j'ai normalement fait dans la partie "résultats bruts" (l'arbre dans analyse des résultats était l'arbre "de base")

odessaH
24 Nov 2023 8:17
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Bonjour, j'ai déplacé l'arbre dans "analyse des résultats" et coloré le branches selon les groupes, est ce bon ?

Meglecz23-4CTES
24 Nov 2023 9:04
Game master

Oui :)

odessaH
24 Nov 2023 9:28
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Super, merci beaucoup !! :D