Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: Choix du groupe taxonomique

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Choix du groupe taxonomique
Cate
20 Nov 2023 7:10
Non evaluated contribution

Bonjour Madame, 

Je n'arrive pas à déterminer si je dois réunir tout les hits qui n'appartiennent pas à l'Ordre des Chloroflexi sur une seule et même ligne ou si je dois être la plus précise possible dans la réalisation du tableau 4.

En vous remerciant par avance.

Bonne Journée.

Meglecz23-4CTES
20 Nov 2023 9:11
Game master


Bonjour,


Comme vous avez choisi Caldilineae comme groupe d’étude et Chloroflexi non-Caldilineae comme groupe extérieur, la première version de votre tableau est bien, car à priori on n’est pas intéressé par les autres groupes que vous avez regroupés dans une seule ligne (LUCA;Bacteria)


Néanmoins, le tableau complet (version 2) n’est pas très long et éventuellement ça peut être intéressant de voir quels sont les autres groupes présents dans le tableau. De plus, si jamais il sera difficile de conclure sur base de l’arbre, éventuellement vous pouvez élargir le groupe d’étude. Dans ce cas, cette deuxième version sera nécessaire. 


En résumé, je garderais le tableau sans regrouper des Bacteria non-Chloroflexi dans une ligne.

 

Bon travail,
Emese Meglecz