Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: taxonomy report à refaire ?

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taxonomy report à refaire ?
levana
17 Nov 2023 1:23
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Bonjour,

 

J'ai suivi la video Analyse_rapide_soustitres.mp3 pour la recherche des homologues par BLAST et non pas dans la video "Déterminer la fonction de l'ORF". Je me suis rendue compte que dans cette dernière vidéo ci, les paramètres de la recherche de blast étaient différents (Evalue=10 au lieu de 1e-10 dans l'autre video si je me rappelle bien) et qu'il fallait faire aussi un blast contre swissprot, que je n'avais pas fait.

Du coup, j'ai refait toute l'analyse blast refseq et swissprot avec les bons paramètres, mais ma question est mnt si je garde les résultats du taxonomy report que j'avais eu avec ma première liste de hits blast (celle faite contre refseq seulement et avec Evalue=1e-10, c'est a dire pas comme dans l'exemple de la 2e video)... Parce que j'ai l'impression que mes 2 listes de hits blast refseq sont les mêmes....

 

Dsl, je ne sais pas si je me suis exprimée tres clairement, je suis un peu embrouillée là...;

 

Merci de votre aide,

 

L.Mimoun

 

PS: j'ai entré mon ancienne liste de blast contre refseq + alignements (ceux faits grâce a la première video) dans le champs Tree.

Meglecz23-4CTES
17 Nov 2023 12:08
Game master

Bonjour,


Le paramètre 'Expect threshold'  de BLAST sert à afficher que les hits qui ont une Evaleur plus petite que ce seuil. 
Dans votre cas, tous les 5000 hits ont excellents Evaleurs. L’Evaleur max est 1e-116. Donc, si vous utilisez le seuil d’Evaleur 10 ou 1e-10, ne change rien, dans votre cas.

 

Bon travail,
Emese Meglecz