Bonjour, 

voici les résultats obtenues pour déterminer la fonction de l'ORF ...

Ma questions serait de savoir comment choisir la fonction sachant que : 'AAA family ATPase' à un nombre de hits moins importante que 'ParA family protein' mais ses E-values min et max correspondent plus... 

J'ai également verifié que ces 2 fonctions correspondait et sur NCBI les 2 ont pour nom scientifique "Candidatus Pelagibacter " ... 

Puis-Je conclure ainsi? et expliquer que 'AAA family ATPase' et 'ParA family protein' sont en fait trés similaires ?

Table 2: Nombre et qualité des alignements détectés par BLASTp contre Refseq_protein et SWISSPROT

 nombre de protéines alignées

e-value min

e-value max

e-value seuil

 RefSeq

5000

4e-170

1e-81

>1e-81

 SP

251

 1e-93

9.9

> 9.9

Table 3: Catalogue des fonctions des protéines alignées par BLASTp contre Refseq_protein

Bonjour,

« expliquer que 'AAA family ATPase' et 'ParA family protein' sont en fait trés similaires ? » 
Oui c’est ça. Donnez les liens vers les fiches de BDD sur lesquelles vous basez cette conclusion.

J'ai également vérifié que ces 2 fonctions correspondait et sur NCBI les 2 ont pour nom scientifique "Candidatus Pelagibacter "

Attention, ne confondez pas la fonction avec l’appartenance taxonomique!

L’e seuil > 9.9, pour swissprot indique que toutes les séquences sont homologues. Est-ce le cas ? Sinon, il ne suffit pas de donner l’Evaleur la plus élevée, mais il faut déterminer la valeur qui sépare les séquences certainement homologues, et les autres.

Bon travail,
Emese Meglecz