Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: trouver un ORF à annoter

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trouver un ORF à annoter
avigail
13 Nov 2023 17:21
Contribution non évaluée

Bonjour, 

Dans les critères pour le choix d'un ORF à annoter vous demandez un pourcentage entre l'homologue le plus proche et l'ORF inferieur à 90% ...

Seulement moi j'ai trouvé deux ORF avec un pourcentage supérieur à 95%.

Que faire ?

Merci

Meglecz23-4CTES
13 Nov 2023 19:05
Maître de jeu

Bonjour, 


Alors il faut abandonner cette séquence et prendre une autre. Comme expliqué dans le vidéo 
Résumé des étapes ; Nouveaux outils et BDDs,  je vous conseille à faire une analyse rapide avec BLASTx pour facilement écarter des séquences qui ne conviennent pas à l’analyse.

 

Par ailleurs, pourriez-vous me dire où vous avez trouvé la limite de 90%, SVP ? Depuis quelques années, je demande d’écarter des séquences si le meilleur %identité et plus grande que 95% . J’ai dû oublier à corriger la valeur originale (90%) quelque part. 

 

Bon travail,
Emese Meglecz

avigail
14 Nov 2023 19:55
Contribution non évaluée

Bonsoir, 

Oui j ai compris mon erreur un peu aprés avec les autres videos . Merci de votre réponses.

La limite à 90% se trouve dans le tout début de la video: https://ametice.univ-amu.fr/mod/url/view.php?id=3044325 .