Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: outil defintion list

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outil defintion list
Yael
6 Nov 2023 22:25
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Bonsoir, lorsque j'effectue ma recherche grace à l'outil 'definition list' je ne trouve qu'une seule fonction répertoriée : amidophosphoribosyltransferase . L'autre est 'unnamed protein product' dont je ne peux donc pas tirer plus de détails.

Est ce un problème?

 

Merci beaucoup,

Yael 

 

Table 3: Catalogue des fonctions des protéines alignées par BLASTp contre Refseq_protein

 

Definitions nb hits min E-value max E-value
amidophosphoribosyltransferase 4966 0.0 5e-132
unnamed protein product 34 2e-144 4e-132

 

Meglecz23-4CTES
7 Nov 2023 8:11
Game master

Bonjour,


Non, ce n’est pas un problème. ‘unnamed protein product’ veut dire que la séquence n’a pas été annotée en détail. Vous pouvez l’ignorer.
Il vous reste amidophosphoribosyltransferase comme fonction, et ceci simplifie grandement votre travail.

 

Bonne journée,
Emese Meglecz

Yael
7 Nov 2023 21:42
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Merci de votre aide,

Bonne soirée

Yael
7 Nov 2023 21:42
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Merci de votre aide,

Bonne soirée

TEHI
22 Nov 2023 18:07
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Bonsoir, 

J'ai un tableau dans mon analyse de résultats blast qui était déjà copié collé mais je n'arrive plus à savoir à quoi il correspond et s'il faut le remplacer par celui trouvé dans 'definition list' ou le laisser. 

De plus le tableau obtenu dans definition list me semble écourté, est-ce normal qu'il soit petit ou bien le programme s'est arreté avant la fin?

 

Meglecz23-4CTES
22 Nov 2023 21:16
Game master

J’avoue que je ne comprends pas complètement votre question, mais je tente de répondre.


Les deux tableaux que je vois se ressemblent très fortement. La différence, c’est que dans la première, les noms des taxa apparaissent aussi dans certaines lignes. Ceci est inutile à cette étape, car nous sommes intéressés par la fonction, et pas la provenance taxonomique des séquences dans ce tableau.


Le deuxième tableau regroupe les dernières 14 lignes de tableau 1 dans une seule ligne. Le second tableau est plus compact, plus clair, mais la première est acceptable aussi.

 

Bon travail,
Emese Meglecz