Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Choix des groupe d'étude et groupe extérieur

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Choix des groupe d'étude et groupe extérieur
Amel
5 Oct 2023 21:31
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

J'ai choisi de prendre comme groupe d'étude l'ordre Candidatus Pelagibacterales (de la classe des Alphaproteobacteria) et comme groupe extérieur tous les autres ordres des Alphaproteobacteria. 

 

Pensez-vous que la différence entre les e-valeur min de mon groupe d'étude et mon groupe extérieur est-elle suffisante ?

 

Il y a au minium 14 ordres de grandeur de différence si on considère que la ligne avec la classe Alphaproteobacteria seule ne fait pas partie du groupe d'étude. Sinon, il y a 43 ordre de grandeur de différence.

 

Extrait du rapport taxonomique (Table 4) :

 

Classification nb species nb hits min E-value max E-value
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Candidatus Pelagibacterales 45 447 3,00E-180 2,00E-107
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria 5 74 2,00E-166 7,00E-103
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Hyphomicrobiales 1486 2267 1,00E-137 3,00E-98
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales 814 1050 2,00E-128 3,00E-98
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales 382 537 1,00E-127 2,00E-98
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sneathiellales 12 14 5,00E-127 1,00E-105

 

Merci

Meglecz23-4CTES
6 Oct 2023 9:27
Maître de jeu

Bonjour,


Les séquences de la ligne LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria (meilleur hit 2,00E-166) peuvent très bien venir de groupe d’étude ou de groupe extérieur. En conséquence, elles n’apportent pas d’information pour vous et vous pouvez les ignorer. Vous pouvez donc considérer qu’il y a 43 ordres de grandeur de différence.

Pareil pour la lige LUCA:Bacteria (meilleur hit 1,00E-172).

 

Bonne journée,
Emese Meglecz