Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Enracinement de l'arbre

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Enracinement de l'arbre
Varly
24 May 2023 10:24
Non evaluated contribution

 

Bonjour,

Merci pour votre retour. Voilà ce que j'ai réussi à faire, mais il y a une séquence qui me dérange : BPAPP7-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte. Je n'arrive pas à l'inclure dans le groupe d'études.

Dois-je m'arrêter là ?

 

 

                               +---------------------------+ BPAPP5-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte                                                                    
                           +----+ 0.74                                                                                                                                              
                  +--------+ 0.88---------------+ BPAPPC4-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Can                                                                                
                  |        |                                                                                                                                                        
          +-------+ 0.44   +------------+ BPAPP6-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte                                                                                        
          |       |                                                                                                                                                                 
        +-+ 0.65  +--------------------------+ BPAPPC5-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Can                                                                                   
        | |                                                                                                                                                                         
        | +-----------------------+ BPAPPC6-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Can                                                                                              
        |                                                                                                                                                                           
        |                        +--------------+ BPAPP8-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte                                                                                
        |                +-------+ 0.96                                                                                                                                             
        |             +--+ 0.84  +--------------+ BPAPPC1-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Can                                                                                
        |             |  |                                                                                                                                                          
        |          +--+ 0.61---------+ OMRGCv2-11131070-Traduction-280-942-sens-direct                                                                                              
        |          |  |                                                                                                                                                             
 +------+ 0.03  +--+ 0.81---------+ BPAPP2-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte                                                                                              
 |      |       |  |                                                                                                                                                                
 |      |     +-+ 0.81--------+ BPAPP1-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte                                                                                                  
 |      |     | |                                                                                                                                                                   
 |      |     | +------------------+ BPAPP4-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte                                                                                             
 |      |     |                                                                                                                                                                     
 |      |+----+ 0.76            +-----+ BPAPPC2-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Can                                                                                          
 |      ||    |        +--------+                                                                                                                                                   
 |      ||    |+-------+ 0.92   +------+ BPAPPCP1-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Ca                                                                                         
 |      ||    ||       |                                                                                                                                                            
 |      ||    ++ 0.95  +----------------------+ BPAPPC3-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Can                                                                                  
 |      ++ 0.84|                                                                                                                                                                    
 |       |     +------------------+ BPAPP3-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-PHX8                                                                                              
 |       |                                                                                                                                                                          
 |       |              +--------------------------------------+ BPAPPC7-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacteraceae-Can                                                                 
 |       +--------------+ 0.90                                                                                                                                                      
 |                      +-----------------------------------------------------+ BPAPPCC1-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-inc                                                  
 |                                                                                                                                                                                  
 |                                                                                                     +-----+ BPAHPA1-BPA-Hyphomicrobiales-Phyllobacteriaceae-Aq                   
 |                                                                                                 +---+ 0.17                                                                       
 |                                                                                           +-----+ 0.47--+ BPAHPA2-BPA-Hyphomicrobiales-Phyllobacteriaceae-Am                     
 |                                                                                           |     |                                                                                
 |                                                                                           |     +--------------+ BPAHBBOO1-BPA-Hyphomicrobiales-Brucellaceae-Brucel              
 |                                                                                         +-+ 0.44                                                                                 
 |                                                                                         | |       +------------------+ BPAHAA1-BPA-Hyphomicrobiales-Ahrensiaceae-Ahrensia        
 |                                                                                       +-+ 0.69----+ 0.91                                                                         
 |                                                                                       | |         +--------+ BPAHRRR1-BPA-Hyphomicrobiales-Rhizobiaceae-Rhizobi                  
 |                                                                                       | |                                                                                        
 |                                                                                +------+ 0.88-----------+ BPAHBB1-BPA-Hyphomicrobiales-Bartonellaceae-Barton                      
 |                                                                                |      |                                                                                          
 |                                                                           +----+ 0.85 +------------+ BPAHAAA2-BPA-Hyphomicrobiales-Aurantimonadaceae-Au                          
 |                                                                           |    |                                                                                                 
 |                                                                           |    +-------------------------+ BPAHDD1-BPA-Hyphomicrobiales-Devosiaceae-Devosia-H                    
 |                                                                         +-+ 0.78                                                                                                 
 |                                                                         | |              +------------------+ BPAHPF1-BPA-Hyphomicrobiales-Pleomorphomonadaceae-                 
 |                                                                         | |        +-----+ 0.00                                                                                  
 |                                                                         | +--------+ 0.91+------------------------+ BPARARR1-BPA-Rhodospirillales-Acetobacteraceae-Ros           
 |                                                                         |          |                                                                                             
 |                                                                         |          +-----------------+ BPAHHRR1-BPA-Hyphomicrobiales-Hyphomicrobiaceae-Rh                        
 |                                                                         |                                                                                                        
 |                                                                       +-+ 0.88         +---------------------------+ BPAEEE1-BPA-Emcibacterales-Emcibacteraceae-Emcibac          
 |                                                                       | |        +-----+ 0.80                                                                                    
 |                                                                       | |     +--+ 0.47+---------------------+ BPASSS1-BPA-Sneathiellales-Sneathiellaceae-Sneathi                
 |                                                                       | |     |  |                                                                                               
 |                                                                       | |   +-+ 0.75-------------+ BPAHPKA1-BPA-Hyphomicrobiales-Parvibaculaceae-Kaus                            
 |                                                                       | |   | |                                                                                                  
 |                                                                       | |   | +--------------------+ BPACCC1-BPA-Caulobacterales-Caulobacteraceae-Caulo                          
 |                                                                       | +---+ 0.84                                                                                               
 |                                                                      ++ 0.70|            +------------------------+ BPARRHH1-BPA-Rhodospirillales-Rhodospirillaceae-Ha           
 |                                                                      ||     |    +-------+ 0.80                                                                                  
=|                                                                      ||     +----+ 0.78  +---------------------+ BPASC1-BPA-SAR116-cluster-Candidatus-Puniceispiril              
 |                                                                      ||          |                                                                                               
 |                                                                      ||          +-------------------------------------------+ BPARR1-BPA-Rickettsiales-Rickettsiaceae-MCE3233141
 |                                                                      ||                                                                                                          
 |                                                                      ||              +-----------+ BPARPAA1-BPA-Rhodobacterales-Paracoccaceae-Aliiros                            
 |                                                                      |+--------------+ 0.98                                                                                      
 |                                                                      |               +----------------------+ BPARRL1-BPA-Rhodobacterales-Roseobacteraceae-Litor                 
 |                                                                      |                                                                                                           
 |                                                                      |                             +----------------+ BPAHBB3-BPA-Hyphomicrobiales-Boseaceae-Bosea-WP-10         
 |                                                                      |                   +---------+ 0.97                                                                        
 |                                                                      |              +----+ 0.87    +----------+ BPAHMMM1-BPA-Hyphomicrobiales-Methylobacteriaceae-               
 |                                                                      |              |    |                                                                                       
 |                                                                      |           +--+ 0.85-------------+ BPAHCC1-BPA-Hyphomicrobiales-Chelatococcaceae-Chel                      
 |                                                                      |           |  |                                                                                            
 |                                                                      |           |  +---------------+ BPAHBRR1-BPA-Hyphomicrobiales-Bradyrhizobiaceae-Rh                         
 |                                                                   +--+ 0.73     ++ 0.68                                                                                          
 |                                                                   |  |          ||        +--------------------+ BPAPPH1-BPA-Parvularculales-Parvularculaceae-Hypho              
 |                                                                   |  |       +--++0.36----+ 0.96                                                                                 
 |                                                                   |  |       |  |         +---------+ BPAT1-BPA-Thermopetrobacter-HHN68132.1-YggS-family                         
 |                                                                   |  |       |  |                                                                                                
 |                                                                   |  |    +--+ 0.73-----------------+ BPAHXA1-BPA-Hyphomicrobiales-Xanthobacteraceae-Azo                         
 |                                                                   |  |    |  |                                                                                                   
 |                                                                   |  |    |  +--------------------+ BPAHMH1-BPA-Hyphomicrobiales-Methylocystaceae-Hans                           
 |                                                                   |  |  +-+ 0.75                                                                                                 
 |                                                                   |  |  | |           +------------+ BPAHBB2-BPA-Hyphomicrobiales-Breoghaniaceae-Breogh                          
 |                                                                   |  |  | |        +--+ 0.77                                                                                     
 |                                                                   |  |  | +--------+ 0.96---------------+ BPAHSRR1-BPA-Hyphomicrobiales-Stappiaceae-Roseibiu                     
 |                                                                   |  | ++ 0.45     |                                                                                             
 |                                                                   |  | ||          +----------------+ BPAHSS1-BPA-Hyphomicrobiales-Stappiaceae-Stappia-W                         
 |                                                            +------+ 0.89|                                                                                                        
 |                                                            |      |  | ||    +-----------------+ BPAHAAA1-BPA-Hyphomicrobiales-Aestuariivirgaceae-A                              
 |                                                            |      |  | |+----+ 0.80                                                                                              
 |                                                            |      |  +-+ 0.83+-----------------+ BPAHC1-BPA-Hyphomicrobiales-Cohaesibacteraceae-WP-                              
 |                                                            |      |    |                                                                                                         
 |                                                            |      |    |                       +--+ BPAHHH1-BPA-Hyphomicrobiales-Hyphomicrobiaceae-Hyp                           
 |                                                            |      |    |       +---------------+ 0.99                                                                            
 |                                                            |      |    +-------+ 0.90          ++ BPAHKBB1-BPA-Hyphomicrobiales-Kaistiaceae-Bauldia-                             
 |                                                         +--+ 0.07 |            |                                                                                                 
 |                                                         |  |      |            +-----------------------+ BPAHRR1-BPA-Hyphomicrobiales-Rhodobiaceae-Rhodobiu                      
 |                                                         |  |      |                                                                                                              
 |                                                         |  |      |                +------------------------------------+ BPAHCC2-BPA-Holosporales-Candidatus-Paracaedibacte     
 |                                                         |  |      |          +-----+ 0.77                                                                                        
 |                                                         |  |      +----------+ 0.94+---------------------+ BPAHHH2-BPA-Hyphomonadales-Hyphomonadaceae-Hyphomo                    
 |                                                 +-------+ 0.75               |                                                                                                   
 |                                                 |       |  |                 +----------------------------------------+ BPASSSS1-BPA-Sphingomonadales-Sphingosinicellaceae       
 |                                                 |       |  |                                                                                                                     
 |      +------------------------------------------+ 0.99  |  +-----------------------------+ BPAMMR1-BPA-Micropepsales-Micropepsaceae-Rhizomicr                                    
 |      |                                          |       |                                                                                                                        
 |      |                                          |       +---------------------------+ BPAKKK1-BPA-Kordiimonadales-Kordiimonadaceae-Kordi                                         
 +------+ 0.93                                     |                                                                                                                                
        |                                          +-----------------------------+ BPAPC1-BPA-PS1-clade-Candidatus-Micropelagos-WP-03                                               
        |                                                                                                                                                                           
        +--------------------------+ BPAPP7-BPA-Pelagibacterales-Pelagibacterales-bacte                                                                                             
                                                                                                                                                                                    
 |---------------------|--------------------|---------------------|---------------------|---------------------|------------------              
                                    
 0                  0.25                  0.5                  0.75                     1                  1.25                       

Meglecz23CTES
24 May 2023 10:59
Game master

Rebonjour,


Si c’est parfaitement possible à intégrer cette séquence dans la branche de groupe d’étude.
Vous auriez dû prendre justement cette séquence et une autre Pelagibacterales, pour enraciner l’arbre.