Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Sujet de discussion: Construction de l'arbre

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Construction de l'arbre
Quentacio
14 Apr 2023 13:57
Contribution non évaluée

Bonjour Madame,

 

Nous avons choisi comme groupe d'étude et groupe secondaire deux groupes qui avait des ordres différents. mais un règne, un phylum et une classe identique.

L'arbre qui est affiché n'affiche que les noms du groupe jusqu'à la classe ainsi aucune différence n'est visible.

Alors nous avons voulu faire un autre arbre cette fois ci avec des classe différentes et un règne et un phylum identique. Mais le problème il n'existe pas de groupe secondaire possible avec plus de 3 séquences d'une même classe.

 

Comment on peut faire pour régler le problème ?

Merci d'avance

Cordialement

 

Quentin Donnadieu

L3 Biochimie

B_Wirth_23
15 Apr 2023 7:53
Maître de jeu

Bonjour,

 

>Nous avons choisi comme groupe d'étude et groupe secondaire deux groupes qui avait des ordres différents. mais un règne, un phylum et une classe identique.

==> Oui, je pense que c'est un bon choix.

 

>Alors nous avons voulu faire un autre arbre cette fois ci avec des classe différentes et un règne et un phylum identique.

==> NON, ça vous le faites seulement si plusieurs arbres réalisés au niveau de l'ordre ne vous permettent pas d'intégrer l'ORF dans le groupe d'étude. Dans ce cas, vous remontez d'un cran dans la taxonomie de référence et vous élargissez le groupe d'étude.

 

>L'arbre qui est affiché n'affiche que les noms du groupe jusqu'à la classe ainsi aucune différence n'est visible.

==> Ca, c'est à vous de mettre les séq en évidence, pour cela, 3 possibilités :

 

1) Vous retournez aux format FASTA des séquences sélectionnées, et vous repérez les étiquettes "BPAPP1" et vous voyez si la séq fait partie du groupe d'étude ou externe, et vous la colorez sur l'arbre en conséquence. Les étiquettes, "BPAPP1", sont formées avec l'initiale de chaque rang : BPAPP1 = Bacteria Proteo- Alpha- Pelagibacterale Pelagicaterale bacterium (ou Pelagibacteracea). Donc, les séq qui se terminent par P ou PP sont votre groupe d'étude.

Les seq de votre groupe externe choisi serait donc "BPAR--" et suite variable apès le R.

 

2) Ou alors, dans la ligne descriptive du format FASTA, vous effacez les rangs communs pour ne laissez que les rangs différents entre les séquences.

Par exemple, dans : 

>BPAPP1  E-value=8e-153  Bacteria;Proteobacteria;Alphaproteobacteria;Pelagibacterales;Pelagibacterales bacterium SAG-MED39; MBD1141044.1 SAM-dependent methyltransferase [Pelagibacterales bacterium SAG-MED39]

vous effacez : "Bacteria;Proteobacteria;Alphaproteobacteria;" pour que le premier rang à apparaître sur l'arbre soit celui de l'ordre.

>BPAPP1  E-value=8e-153  Pelagibacterales;Pelagibacterales bacterium SAG-MED39; MBD1141044.1 SAM-dependent methyltransferase [Pelagibacterales bacterium SAG-MED39]

 

3) Ou enfin, au format Fasta des séq, vous rajoutez simplement "ex" avant l'étiquette des séq du groupe externe. Mais attention, entre le signe > et l'étiquette, et SANS espace !

Ex : >BPARAWW3 ==> >exBPARAWW3

Comme ça vous repérez plus facilement vos séq du groupe externe.

 

Remarque : pour les séquences sélectionnées dans le paragraphe rapport taxo, il faut séparer les séq du groupe d'étude et celles du groupe externe.

 

Bon travail,

BW