Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Absence de noms de taxons dans l'arbre phylogénetique

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Absence de noms de taxons dans l'arbre phylogénetique
Varly
3 Apr 2023 20:10
Contribution non évaluée

 

Bonsoir, 

 

Merci pour votre retour ,

 

Mais je fais fasse a un nouveau problemes , en effet dans mon arbre  phylogénetique les noms des taxons n'apparait pas 

Comment y remedier ?

 

Merci beaucoup 

Meglecz23CTES
3 Apr 2023 20:36
Maître de jeu

Bonsoir,

 

Phylogénie.fr raccourcie les identifiants de séquences à 64 caractères, pour éviter d’avoir des noms trop longs.

 

La plus simple sera de raccourcir manuellement les identifiants, avant l’alignement multiple (avant de commencer le travail dans phylogenie.fr)
Par exemple, dans votre cas, vous pouvez remplacer ‘Bacteria-Proteobacteria-Alphaprteobacteria’ par ‘Alpha‘ ou BPA, ou une autre abréviation. Cela va vous permettre de voir le reste des identifiants dans l’arbre.


Vous pouvez aussi enlever les E-valeurs dans le fichier destiné à Phylogenie.fr, mais gardez bien cette information dans la liste des séquences dans la section 'rapport taxonomique' (en dessous de tableau de classification)

 

Autre solution (moins confortable), c'est de regarder le début des identifiants, car chaque lettre est la première lettre de taxon. Par exemple, dans BPA, B est Bacteria, P est Proteobacteria et A est Alphaproteobacteria. Cette solution n’est pas parfaite, car vous ne pouvez pas distinguer deux taxa de même niveau qui commencent par la même lettre.

 

Cordialement,
Emese Meglecz