Bonjour 

J'ai du mal a choisir mon groupe d'etude ,les homologues appartenant au meme groupe taxonomique sont pas alignés.est ce que ce possible de choisir bacteria proteobacteria et ces classes alpha,gamma,delta).cmt choisir mon groupe d'etude ?est ce que je peux continuer sur cette séquence ou dois je l'abandonner?j'ai pas de chance sur la recherche des sequences .je n'ai pas de doute quant à la fonction de la protéine nombre de hits (5000) obtenus par le Blastp.j'ai testé cet ORF rapide sans rediger nos analyses.

merci

Taxonomy synthesis table

Bonjour,

C’est un cas difficile. En effet les meilleurs E-valeurs de plusieurs phyla bactériennes sont assez proches ce qui ne vous permettre pas à délimiter un groupe d’étude facilement.
Il y a trois solutions (chacune est peu satisfaisante) :

1. Si vous faites une recherche dans NCBI taxonomy (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy), vous pouvez trouver que les premiers phyla dans le tableau font partie de PVC group (superphylum). Regardez si ce superphylum peut être le groupe d’étude. Comme le différentiel des meilleurs E-valeurs reste quand même faible, ce n’est probablement pais la meilleure solution, mais vous pouvez la tenter quand même.

2. Vous pouvez tenter élargir le groupe d’étude aux bactéries. Ceci peut être compliqué, car vous devez aligner des séquences phylogénétiquement éloignées, mais vous pouvez tenter.

3. Vous pouvez abandonner cette séquence. Évidemment c’est frustrant :(

Bon courage,
Emese Meglecz