Bonjour,

Apres avoir rechercher les ORFs j'obtient plusieurs ORF numerotes de la meme maniere (plusieurs ORF1 mais d'une frame differente)... Lesquels dois-je donc choisir ?

En vous remerciant par avance pour votre aide,

Bien cordialement,

Bonjour,

Pour pouvoir choisir entre les ORF, il faut voir leurs longueurs, et le nombre de hits qu’ils ont dans NCBI Refseq.
Il faut identifier un ORF qui est assez long (>150aa), a beaucoup des homologues (>1000), l’homologue le plus proche a <=95% identité et la fonction de majorité des homologues sont connues.

Avant de passer beaucoup de temps sur votre première séquence, je vous conseille à regarder les 3 premières vidéos (présentation de l’Annotathon, ORF Finder, BLASTx), puis faites les BLASTx sur plusieurs séquences pour identifier quelques séquences qui seront à priori convenables pour les analyses.

Bon travail,

Emese Meglécz