Bonjour,

J'ai un problème lorsque je fais le travail de phylogenie.

En effet, je me retrouve avec un arbre où tout est mélangé, impossible d'avoir une racine correcte : 

mon groupe d'étude (planctomycetes) se retrouve un peu partout, mélangé avec mon groupe extérieur (bactéries non planctomycetes).

Les plantomycetes se retrouvent mélangés avec tous les types de bactéries.

J'ai pensé que mon choix d'alignements homologues était mauvais, je l'ai donc refait en me concentrant sur les bactéries plus proches de mon groupe d'étude (les planctomycetes).

J'ai donc choisi plus d'actinobactéries, spirochaetes et moins de proteobactéries mais cela n'a rien changé.

J'ai refait 5 fois le même travail avec différents choix d'alignements d'homologues mais cela ne change absolument rien.

Peut-être que mon groupe extérieur est trop large ? Mais le problème est que je n'ai que très peu d'espèces différentes très proches du groupe d'étude. Je suis donc limité sur ce point.

Pouvez-vous m'aider ?

Merci d'avance,

Cordialement.

Bonjour,

En regardant la distribution des E-valeurs, en effet il est difficile à délimiter le groupe d’étude. Il y a une seule séquence avec une très bonne E-valeur (4,00E-131), et les autres ont des E-valeurs au moins 20 ordres de grandeurs plus élevées (même des séquences de même groupe). Il n’est donc pas étonnant que les différents groupes se mélangent.

Ceci peut être partiellement dû aux erreurs dans le BDD. Vous pouvez tenter de faire le BLAST contre la BDD refseq_proteines, qui est plus propre que la BDD NR.

Une autre solution possible est d’élargir très fortement le groupe d’étude. Ceci risque d’être compliqué, car vous devrez aligner des séquences phylogénétiquemet très éloignées.

La dernière solution (frustrante) est de tenter une autre séquence. Hélas, il peut arriver souvent que le signal phylogénétique dans les séquences ne soit pas suffisant, pour faire un arbre phylogénétique interprétable.

Bon courage,
Emese Meglecz