Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Séquences et conclusion

[ Retour aux forums ]
Séquences et conclusion
Emilie20
22 Apr 2022 9:50
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

J’aurai quelques questions concernant la construction de l’arbre phylogénétique.

 

Déjà, est-ce qu’il existe des critères particuliers quant au choix des séquences pour effectuer l’alignement multiple ?

N’ayant que 4 séquences pour mon groupe d’étude (SAR86), j’ai sélectionné une séquence pour chaque ordre des Gammaproteobacteria non-SAR86.

 

Par ailleurs, dans ma conclusion j’ai précisé que mon ORF devait certainement faire partie des SAR86 non-SAR86A-SAR86B-SAR86 BACL1. Est-il légitime de conclure de cette manière ? Où bien dois-je seulement supposer que l’ORF fait partie de l’ordre SAR86 cluster de manière générale (étant donné que l’on manque certainement d’informations, exemple : l’ORF n’est pas complet) ?

Meglecz21CTES
22 Apr 2022 16:24
Maître de jeu

Bonjour à Emilie,

 

Déjà, est-ce qu’il existe des critères particuliers quant au choix des séquences pour effectuer l’alignement multiple ?


Il faut représenter de différents sous-groupes de groupe d’étude et de groupe extérieur, et de préférence, choisissez les séquences avec les meilleurs Evaluers pour chaque sous-groupe.
N’ayant que 4 séquences pour mon groupe d’étude (SAR86),
Vous avez 4 lignes correspondant au groupe SAR86 dans le rapport taxonomique, mais la première ligne représente 23 hits (séquences). Éventuellement, vous pouvez ajouter 2-3 séquences supplémentaires de cette lignée.
SAR86 cluster bacterium........................ 731  0.0    23 hits   LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:SAR86 cluster: excinuclease ABC subunit UvrA

 

j’ai sélectionné une séquence pour chaque ordre des Gammaproteobacteria non-SAR86.
TB.

 

Par ailleurs, dans ma conclusion j’ai précisé que mon ORF devait certainement faire partie des SAR86 non-SAR86A-SAR86B-SAR86 BACL1.
Il est difficile à vraiment affirmer quelque chose sur base des analyses bio-informatique. Restez plutôt prudente dans vos formulations.

 

Bon travail,
Emese Meglecz

 

Emilie20
22 Apr 2022 18:03
Contribution non évaluée

Oui effetivement je me suis mélangée dans les termes, j'ai bien inclus les 4 lignes de SAR86 dans l'alignement multiple.

 

D'accord je vais alors reformuler ma conclusion.

 

Merci beaucoup !

 

Bonne soirée et bon week-end