Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Sujet de discussion: Choix du groupe d'étude et du groupe extérieur

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Choix du groupe d'étude et du groupe extérieur
MaeBinaud
5 Apr 2022 14:35
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

Pour définir le groupe d'étude et le groupe extérieur de cette séquence j'ai de nombreuses e-valeurs à 0.

Je me demande si je dois faire des BLAST avec seulement des morceaux de séquence afin d'avoir un alignement moins long et ainsi augmenter l'e-valeur comme vous l'expliquiez dans le zoom.

Ou, étant donné que la plupart des hits sont des gamma-protéobactéries ou des beta-protéobactéries et que ces 2 groupes ont des e-valeurs bien distinctes, est ce que je peux prendre les gamma comme groupe d'étude et les béta comme groupe extérieur ?

 

D'avance merci,

Maë.

Meglecz21CTES
5 Apr 2022 14:42
Maître de jeu

Bonjour Maé,

 

Vu que différents phyla bactériens ont des E-valeurs 0 (et même les Archaea), il faudra faire le blast avec l’ORF raccourci.

 

Bon travail,

Emese Meglecz

 

MaeBinaud
5 Apr 2022 15:29
Contribution non évaluée

Je viens d'effectuer ce BLAST avec l'ORF raccourci, les e-valeurs des Bacteroidetes et des Protéobactéries se chevauchent... Cela veut il dire que je devrais considérer comme groupe d'étude les bactéries et comme groupe extérieur ce qui n'est pas bactérie ? J'ai ici certains alignements avec des Archae ou des Eukaryota. Mais les e-valeurs se chevauchent aussi avec les Archaes...

 

J'ai essayé de refaire un BLAST avec l'ORF un peu moins raccourci mais je retrouve alors plusieurs e-valeurs de 0.

 

Merci pour votre aide

Meglecz21CTES
5 Apr 2022 16:08
Maître de jeu

Rebonjour Maé,


Si les Evaleursdles Archaea et des Bactéries sont proches, c’est encore une séquence ou il n’est pas possible à déterminer le groupe d’étude :(