Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: questions sur sequence + diagramme

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questions sur sequence + diagramme
Dvo26
6 Mar 2022 14:20
Contribution non évaluée

Bonjour, 

 

J'ai quelques questions concernant notre travail sur Annotathon :

 

1/ Tout d'abord, j'ai trouvé une séquence et commencé à travailler dessus, mais je voudrai savoir s'il est possible d'avoir votre avis pour m'indiquer si je suis sur la bonne voie ou hors sujet.

 

2/ J'ai mis ma séquence sur ORF finder avec les réglages comme vous l'avez précisé ( 60 codons), et il y a un ORF de 59 codons (en retirant le codon STOP) qui est toutefois affiché. Dois-je le prendre en compte ?

 

3/ J'essaye de faire le diagramme avec les ORF comme indiqué dans " rules book", cependant j'ai un ORF en plus affiché qui est compris entre 150 et 180 nt (car dans les réglages c'est 150 ou 300 nucléotides, 60*3=180nt), comment le retirer du diagramme ? 

Sinon je peux essayer de faire moi-même le diagramme, donc pas à l'échelle ? ( ce qui est compliqué pour voir exactement les ORFs qui se chevauchent)

 

En vous remerciant par avance, 

Cordialement 

 

Mme Dawidowicz

Meglecz21CTES
6 Mar 2022 15:05
Maître de jeu

Bonjour,

 

1. Il est difficile à savoir si la séquence que vous avez choisie est prometteuse avant d’avoir les résultats de BLAST.
Vous avez mis dans la conclusion « 2 ORFs ( 1er hypothetique) 2e 84% »
Si cela veut dire que le première ORF n’a que des homologues avec des fonctions hypothétiques, mais le 2e ORF ont des homologues avec fonctions connus, et le meilleur hit à 84%identité, alors oui, l’ORF 2 a l’aire d’être prometteur.  À confirmer avec les résultats de BLASTp et la phylogénie (envoi2)

 

2. Je suppose que vous parlez de cet ORF :
>Translation of ORF number 3 in reading frame 1 on the reverse strand.
VKSTLDRSVAPLTKVPNPLVPGCSWIKVPDAPDALYEVSPICVRPCGAEKLARFIRPANC


Il  est composé de 60 aa, il n’y a pas de codon STOP à la fin (pas * à la fin de la traduction)

 

3. Vous pouvez utiliser le graphique produit par NCBI ORFfinder. En effet, avec le réglage de 150 nt, vous pouvez avoir quelques ORF qui sont plus courts que 60 aa. Mentionnez dans la légende de la figure que les ORFX et ORFY sont à ignorer, car ils sont plus courts que la valeur seuil qu’on a choisi. (60 aa).


Attention, dans NCBI ORF finder, les positions des ORFs sur le brin indirecte sont données par rapport au brin direct. Par exemple, pour l’ORF 8 les positions de NCBI sont données comme 1879-1592, ce qui correspond à 1–288. Faites la conversion dans le tableau 1, SVP.

 

Bon travail,
Emese Meglecz

 

Dvo26
6 Mar 2022 20:43
Contribution non évaluée

Merci beaucoup pour votre retour

tout est très clair.

Dvo26
6 Mar 2022 20:43
Contribution non évaluée

Merci beaucoup pour votre retour

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Dvo26
6 Mar 2022 20:44
Contribution non évaluée

Merci beaucoup pour votre retour

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