Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Utilisation de SWISSPROT

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Utilisation de SWISSPROT
CBeligon
3 Mar 2022 14:36
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

Ma question concerne l'utilisation de la BDD SWISSPROT avec les recherches Blast. Doit-on l'utiliser uniquement pour confirmer les homologues et les domaines protéiques que l'on a trouvés avec Interpro ? Ou doit-on s'en servir pour la partie arbre phylogénétique et taxonomie ?

 

Merci pour votre aide,

Chiquitta

Brochier_22
5 Mar 2022 10:16
Maître de jeu

Bonjour,

 

La recherche d'homologues dans la banque Swiss-prot a pour objectif d'alimenter la recherche d'information sur la fonction probable de la protéine codée par l'orf que vous étudiez. Rappelez-vous que les annotation associées aux séquences présentes dans swiss-prot sont très riches.

Si vous détectez dans swiss-prot des homologues proches de votre séquences, les infos fonctionnelles associées pourront enrichir votre réflexion et compléter les informations collectées à partir de la recherche de domaines fonctionnels dans interpro.

 

Cordialement,

 

Céline Brochier