Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Sujet de discussion: Pause D'AA

[ Retour aux forums ]
Pause D'AA
ElisaM
16 Apr 2021 10:01
Contribution non évaluée

Bonjour,

Mon alignement clustal est le suivant, je me demandais pourquoi à deux positions différentes il y avait une grande "pause" d'AA similaire, la peut-il venir d'une fusion de gènes? Où est-ce des parties on codantes ou peu importante en terme d'évolution qui ont été "effacé" chez certains individus?

Meric

 

 

CLUSTAL FORMAT: MUSCLE (3.8) multiple sequence alignment


BPAPPC2_Ba      -------MSGSVNKVILLGNLGRDPEIRSMQSGKKMASFSIATSKRWKDRNTQEQKENTS
BPAPP3_Bac      -------MVGSVNKAILLGNLGRDPEIRSMQSGSKMASFSIATSKRWKDRNTQEQKEKTS
BPAPu1_Bac      -------MVGSVNKVILLGNLGRDPEIRSMQSGSKMANFSIATSKRWKDRNTQEQKEKTS
BPAPP2_Bac      -------MAGSVNKVILIGNLGKDPDVRSTSNGGRFASFSIATSTKYRNKETQQLEDKTE
OMRGCv2_95      YLLIKKFMAGSVNKVILLGNLGKDPDIRATQAGSRLASFSIATSTKYRNKDTQQLEDKTE
BPAPP1_Bac      -------MAGSVNKVILLGNLGKDPDIRATSAGSRLASFSIATSTKYRNKETQQLEDKTE
BPAPPC3_Ba      -------MAGSLNKVFLIGRLGNDPDIKSTQNGKSVAILSLATSESWKDKNTGEKKEKTE
BPAPPC1_Ba      -------MASSLNKVMLIGNLGADPIIRQTQDGKKLAQLSLATSESWKDKNTGERRDKTQ
BPAHCC2_Ba      -------MAGSVNKVTLIGRLGKDPEVRNSPDGSKIVTMSVATSETWKDRASGERKERTE
BPAHCC1_Ba      -------MAGSVNKVILVGNLGRDPEVRHMQDGNKVVQLSVATSEAWKDRTTGERRDRTE
BPARRN1_Ba      -------MAGSVNKVILIGNLGKEPEVRSLQNGGKVCTLRIATSETWKDRGTGERQERTQ
BPARA1_Bac      -------MAGSVNKVILVGNLGRDPEVRNTQSGSKIVNLAIATSDTWNDRNTGERRDRTE
BPARRO1_Ba      -------MAGSVNKVILIGNLGRDPEIRSMQNGQKVANLALATSENWRDKQSGERRERTE
BPARTT1_Ba      -------MAG-VNKVILVGNLGRDPEVRTSQDGSKIVNLNIATSESWKDRATGERKEKTE
BPARAG1_Ba      -------MAGSVNKVILIGNLGRDPEVRNTQDGGKVVNFTLATSETWNDRASGERKERTE
BPARAA1_Ba      -------MAGSVNKVILVGNLGKDPDVRSSQSGSKIVSFSLATSDTWNDRASGERRERTE
BPARAK1_Ba      -------MAGSVNKVILVGNLGKDPEVRTSQSGAKIVSLTLATSDTWNDRASGERRERTE
BPARR1_Bac      -------MAGSVNKVILVGNLGRDPEVRFSQDGKKIVNMSLATSESWNDRDTGERREKTE
BPARAA2_Ba      -------MAGSVNKVILVGNLGRDPEIRTSQSGQKIASLSVATSDTWNDRTSGERRERTE
BPARRT1_Ba      -------MAGSVNKVILIGNLGRDPEVRSTQDGMKIVNLAVATSETWRDRQSGERRERTE
BPARRT2_Ba      -------MAGSVNKVILIGNLGRDPEVRTMNNGGKVVNLSVATSETWRDKNSGERQEKTE
                       * . :**. *:*.** :* :.    *  .  : :***  :.:. : :  :.*.

BPAPPC2_Ba      WHNIVVFNEGLVDVIERYIKKGSKIYVEGELSTRKYQDK-DGNDKYTTEVVLQGYNSTLT
BPAPP3_Bac      WHNIVVFGDGLVDIVEKYVKKGSKIYVEGELQTRKWQDK-DGNDRYTTEVILQGYNCNLT
BPAPu1_Bac      WHNIVIFGDGLVDIVEKYVKKGSKVYVEGELQTRKWQDQ-EGKDRYTTEVILQGYNCNLT
BPAPP2_Bac      WHRVIIFNEKLADISEKYLKKGSKIYLEGQLQTRKY-EQ-DGVTKYTTEVVIPNFGGVLT
OMRGCv2_95      WHRVVVFNDKLADICEKYLRKGSKIYIEGQLQTRKWTDN-NGVDKYTTEVVIPNYSGVLT
BPAPP1_Bac      WHRVVVFNDKLADVCEKYLRKGSKVYVEGQLQTRKWTDN-NGVDKYTTEVVIPNYSGVLT
BPAPPC3_Ba      WHRVVIFNEGLVNVVQKYLKKGAQVYVEGQISTTKYTDN-NGQEKFSTQIVLQGYNSTLT
BPAPPC1_Ba      WHRIVIFNDGLAGVVENYLKKGSKIYIEGQLQTRKFTDN-NGVEKYTTEVVLANYNGTLT
BPAHCC2_Ba      WHRVVIFNEKLGEIAERYLKKGGQVYLEGSLQTRKWTDP-QGIEKYTTEVVIQRYRGELT
BPAHCC1_Ba      WHRVVIFNDRIAEIAERYLKKGAKVFLEGQLQTRKWTDQASGQEKYTTEIVIQKYKGELT
BPARRN1_Ba      WHSVVIFNENLVGVAERFLKKGSKVYIEGQLETRKWQDQ-QGQERYTTEVVLRQFRGELT
BPARA1_Bac      WHRVVIFNERVGDVAERYLRKGRKVYIEGELRTRKWTDQ-QGVEKYTTEVVIDRFRGNLV
BPARRO1_Ba      WHRVVIFNENLIEIAEKYLRKGSKIYIEGSLQTRKWQDQ-SGQEKYTTEIVLQRYRGELT
BPARTT1_Ba      WHRVVIFNPHLGDIAERYLKKGSTVYIEGALQTRKWTDQ-SGQEKYSTEVVIGRFKGELT
BPARAG1_Ba      WHRVVVFNDRLADIAERYLRKGTKVYVEGALQTRKWTDQ-AGQEKYTTEVVISRFRGEIT
BPARAA1_Ba      WHRVVIFNERLADVAERFLRKGRKVYLEGSLQTRKWTDQ-GGQERFTTEVIVDRFRGELV
BPARAK1_Ba      WHRVVIFNERIGDVAERFLRKGRKVYLEGSLQTRKWTDQ-SGQDRYTTEVVVDRFRGDLV
BPARR1_Bac      WHRIVIFNDRLADVAEKYLKKGSKIYVEGQLQTRKWTDN-AGVEKYSTEVVLQNFRGELT
BPARAA2_Ba      WHRVVVFNDRIADVAERFLRKGRKVYVEGTLQTRKWTDQ-SGQEKYTTEIVLDRFRGELV
BPARRT1_Ba      WHRVVIFNERLAEVAEKFLRKGSKVYVEGALQTRKWTDQ-QGQEKYTTEVVLQRFRGELT
BPARRT2_Ba      WHRVVIFNEKLGEVAERFLKKGSKVYVEGALQTRKWTDQ-SGTEKYSTEVVLQRFRGELT
                ** :::*.  :  : :.::.**  :::** : * *: :   *  .::*::::  :   :.

BPAPPC2_Ba      MLDSRNSGSASIE-----------------------------EAPNXSSLDSXLEDTLDS
BPAPP3_Bac      LLDTRNNSQTSSN-----------------------------NNDQIDDSKSIEDDSIES
BPAPu1_Bac      LLDSRNQSNNSLE-----------------------------SQSESMQDNSISDDSFGS
BPAPP2_Bac      MLDSRSQSDS--------------------------------NQQTDQIESAADASVSPT
OMRGCv2_95      MLDTRSQSSVSE------------------------------ESNNNQLDSAADEAMGGS
BPAPP1_Bac      MLDSRSQSTIS-------------------------------DDNSSQIDSAADEALGGP
BPAPPC3_Ba      MLGGSNKA----------------------------------IESGIDQDTSSNLPSDES
BPAPPC1_Ba      MLDSRGGGSS--------------------------------DFGGESSPQIDQDMSQDS
BPAHCC2_Ba      LLESKGGSEGYSN---------DFD-------------TSPLGSGGGSSDPFSVAPAGGS
BPAHCC1_Ba      LLDSRGEGSSS-------------------------------QVGESHTDYQPQRMAAGA
BPARRN1_Ba      LLDGREGGGMGAGAGGASYDDRGGD-------------YGGGGYGGGSSYGGGGGGSYGG
BPARA1_Bac      LLDSQRGGGDGGGYGDDGYDG-GYG-------------DGGSNWAGG---GSAPAGRGGA
BPARRO1_Ba      MLDGRADGGSGSGGG-------SGG-------------GSGGGYESAQDDYSGGAASGPA
BPARTT1_Ba      LLGGRGDSGGGGG-----------G-------------YGG-GGGGY---DESPRQGGGG
BPARAG1_Ba      MLDSRSGGEGA-------------G-------------EGG-GYRSA---PAQRAPSGGG
BPARAA1_Ba      LLDNKGNSEGGGNYPPPNN---GEN-------------SRSSTYGGQSANSGSAGGGWDA
BPARAK1_Ba      LLDSNRGGEGGGDDMGGGYGG-G-G-------------YGG-GSGGG---YSAPARSQPQ
BPARR1_Bac      MLDTRGGG----------------------------------GSGGDVQEPDYGPGPGAP
BPARAA2_Ba      LLDGRGSGEGEEGGGGSSGYG-GAE-------------SDG-GFGGG---GGTPRRIGGA
BPARRT1_Ba      MLDGRGEGGGGAEFGGGDDFGGGAGGGFGGGQGGGGRRGGGGGYGGGRGGQGGGTGGGQG
BPARRT2_Ba      MLDGKGGGGGGAG---------GGD-------------DYGDDYGGGGGGNGGGGRSSGG
                :*     .                                                    

BPAPPC2_Ba      QVSDSX---------------------------DLDDXIPF
BPAPP3_Bac      QNNDSN---------------------------DLDEDIPF
BPAPu1_Bac      NSSDSS---------------------------DLDEDIPF
BPAPP2_Bac      EDNSTA----S----------------------KLDDDIPF
OMRGCv2_95      ETSTAE---------------------------QLDDDIPF
BPAPP1_Bac      DNSTAE---------------------------QLDDDIPF
BPAPPC3_Ba      VSKT-----------------------------KIDDEVPF
BPAPPC1_Ba      NFSSSD----DL---------------------DIDDEIPF
BPAHCC2_Ba      KGFD-----------------------------DLNDDIPF
BPAHCC1_Ba      EGASVA----NLTS-------------------DLEDEIPF
BPARRN1_Ba      GGGDYG----GGNRGGGSRGGSGGGSSRPSPAADLDDEIPF
BPARA1_Bac      GGRGQQ----GGNFGGG----AGWDSSSGQGDQALDDEIPF
BPARRO1_Ba      GSPARG----GS---------------------DLDDEIPF
BPARTT1_Ba      GGGGRQ----GGG--------QSWEP--PA---DMDDEIPF
BPARAG1_Ba      SGFGGG----SSRPASGG---SGWE---PSHGGDLDDEIPF
BPARAA1_Ba      SGSGGS----G----------------------DLDDEIPF
BPARAK1_Ba      RNNDRP----A-GGGGGSTG-GGWDA--PAGGSDLDDEIPF
BPARR1_Bac      GATD-----------------------------DLDDDIPF
BPARAA2_Ba      SGAGGA----GGARKSAPASPGGWDA--PSG--DLDDEIPF
BPARRT1_Ba      GGFGGGYDDYGSDYGGGSSGGGRGGAGGGGGSNDLDDEIPF
BPARRT2_Ba      GGGRKP----SG---------------------PIDDDIPF
                                                  ::: :**