bonsoir,

j'ai effctué l'arbre comme metionner dans la vidéo mais je n'arrive pas à l'enraciner car mon groupe d'etude flavobacteriales est mélangé à mon groupe extérieur les non flavobateriales .

Y'aurais il une solution sans devoir tout recommencer !

merci

                                   +----+ BBFFFC1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F    
                                 +-+ 0.365000                                                                 
                                ++ 0.892000FFM1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F      
                                ||                                                                            
                               +++0.139000FFM2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F       
                               ||                                                                             
                              +++0.716000CCu1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cyclobact        
                              ||                                                                              
                            +-++0.869000CC1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cyclobact          
                            | |                                                                               
                            | +--+ BBCCFu1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Flammeovi           
                           ++ 0.070000                                                                        
                           ||     +------+ BBSSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Saprospi   
                        +--++0.872000.992000                                                                  
                        |  |      +-----+ BBSSLF1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Lewinel    
                        |  |                                                                                  
                 +------+ 0.966000--+ BBFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v        
                 |      |                                                                                     
                 |      |      +-+ BBFFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl           
                 |      +------+ 0.988000                                                                     
                 |             | OMRGCv2-9519060-Translation-187-1494-direct-strand                           
                 |                                                                                            
                 |                +---------+ BBSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacteriales
                 |            +---+ 0.494000                                                                  
              +--+ 0.861000---+ 0.904000 BBFFFA1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F     
              |  |        |   |                                                                               
              |  |        |   +------+ BBFFFS1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F       
              |  |        |                                                                                   
              |  |    +---+ 0.856000-----+ BBFFFM3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F   
              |  |    |   |     +-+ 0.675000                                                                  
              |  |    |   |    ++ 0.366000-+ BBFFFE1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F 
              |  |    |   |    ||                                                                             
              |  |    |   +----++0.968000-+ BBFFFA2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F  
        +-----+ 0.9720000.890000                                                                              
        |     |       |        +----+ BBFFFL1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F        
        |     |       |                                                                                       
        |     |       |      +--------+ BBSSSP1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial      
        |     |       +------+ 0.955000                                                                       
      +-+ 0.774000           +----------+ BBFFFR1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F    
      | |     |                                                                                               
      | |     |     +--------+ BBFFFG1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F               
      | |     +-----+ 0.963000                                                                                
      | |           +--------+ BBSSLL1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Lewinel               
    +-+ 0.170000                                                                                              
    | | +-----------------+ BBSSHH1-Bacteria-Bacteroidetes-Saprospiria-Saprospirales-Halisco                  
    | |                                                                                                       
 +--+ 0.700000-----+ BBBB1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-E-value9                          
 |  | +--+ 0.836000                                                                                           
 |  |    +---------------+ BBBMMu1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Marinilabiliales-Mari                   
 |  |                                                                                                         
=|  +----------+ BBCCCN1-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi                             
 |                                                                                                            
 +--+ BBCCCC3-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi                                        
 |                                                                                                            
 +-----+ BBCCCC2-Bacteria-Bacteroidetes-Chitinophagia-Chitinophagales-Chi                                     
                                                                                                              
 |------|-------|------|------|-------|------                                                                 
 0   0.25     0.5   0.75      1    1.25                                                                       
 substitutions/site                                                                                           
                                                                                                              

Bonjour Léa,

En effet, dans cet arbre, on ne peut pas séparer des Flavobacteriales et le groupe extérieur. Essayez d'enraciner l’arbre en mettant toutes les  Flavobacteriales  d’un côté de la racine et un maximum de séquences de groupe extérieur de l’autre côté. Il va rester des séquences de groupe extérieur dans la branche de Flavobacteriales. Vu que le deadine approche, vous pouvez garder cette séquence, mais essayez à proposer une ou plusieurs  hypothèses qui peuvent expliquer le mélange entre les groupes.

Je vous conseille de regarder des vidéos de l’envoi 3  et certains des postes du forum pour trouver les idées.

Bon courage,
Emese Meglecz