Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: enraciner l'arbre

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enraciner l'arbre
Hope
11 Apr 2021 14:00
Contribution non évaluée

Bonjour, j'ai suivie les étapes pour enraciner l'arbre comme sur la vidéo mais le probleme est que je n'ai pas comme sur votre vidéo mon groupe extérieur d'un coté et mon groupe d'étude de l'autre, en essayant d'enraciner tout de même j'obtiens l'arbre ci-dessous. A votre avis faudrait-il que je reprenne l'étape du rapport taxonomique et que je prenne un groupe extérieur plus large ou bien est-ce un problème de configuration de l'arbre avec lequel j'aurais mal reformater la racine ?

Cordialement,
Hope

 +------+ BPGOSG1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                                  
   |                                                                                                          
   |+----------+ BPGOKP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                             
   ||                                                                                                         
   ||+----------+ BPGOHH1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                            
   |||                                                                                                        
   |+|0.748000-------+ BPGSSA1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Salinisphaer                       
   |||  +-+ 0.033000                                                                                          
 +-+|0.755000-------+ BPGNSS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Nevskiales-S                        
 | |||  |                                                                                                     
 | |++-0.759000000---------+ BPGCW1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Chromatiales                  
 | | |  |  |                                                                                                  
 | | |  +--+ 0.740000 +---+ BPGS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-SAR86-cluster                   
 | | |     |  +-------+ 0.921000                                                                              
 | | |     +--+ 0.773000OMRGCv2f-976904-Traduction-673-1050-sens-indirect                                     
 | | |        |                                                                                               
 | | 0.72600000-----------------+ BPBN1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Nitrosomonadale            
 | | |                                                                                                        
 | | |    +-+ BPGXRO1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada                                
 | | |    |                                                                                                   
 | | | +--+ 0.933000 BPGPPP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Pseudomonada                         
 | | | |  +-+ 0.862000                                                                                        
 | | +-+ 0.806000BPGXXL1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada                             
 | 0.797000                                                                                                   
 | |   +------------+ BPGCWW1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Chromatiales                        
 | |                                                                                                          
 | | +---------+ BPGOH1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospirill                             
 | +-+ 0.732000                                                                                               
 |   +---------+ BPGONN1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                             
 |                                                                                                            
 | +--+ BPGOAK1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                                      
 | | 0.586000                                                                                                 
 | |------+ BPGCP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cellvibrional                                  
 | | 0.640000                                                                                                 
 | | +---+ BPGCMM1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cellvibriona                                   
 | |-+ 0.888000                                                                                               
 | | +-------+ BPGCCS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cellvibriona                               
 |-+ 0.839000                                                                                                 
 | | +---+ BPGOON1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                                   
 | | |                                                                                                        
=| |++ 0.654000-------+ BPBBBP1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial                      
 | ||+--------+ 0.996000                                                                                      
 | ++ 0.810000+--+ BPGPVV1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Pseudomonada                           
 |  |                                                                                                         
 |  +----+ BPGAAM1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                                   
 |                                                                                                            
 |   +-----+ BPGAAA1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Aeromonadale                                 
 |   |                                                                                                        
 |---++0.953000 BPGCHH1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cellvibriona                              
 |   ||                                                                                                       
 |   ++ 0.001000-----+ BPGCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Celerinatanti                       
 |    +---+ 0.826000                                                                                          
 |        +---+ BPGOBP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                              
 |                                                                                                            
 |     +-+ BPGPM1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Pseudomonadal                                   
 |     |                                                                                                      
 |    ++ 0.289000------+ BPGAA1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Acidiferrobac                     
 |    |+----+ 0.852000                                                                                        
 | 0.00000094000-------+ BPGVVV1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Vibrionales                      
 | |  |                                                                                                       
 | |  +-------+ BPGCES1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Chromatiales                              
 |-+ 0.746000                                                                                                 
 | |  +--------+ BPGTTT1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Thiotrichale                             
 | |  |                                                                                                       
 | +--+ 0.853000---+ BPGC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Candidatus-Com                         
 |    |+------+ 0.376000                                                                                      
 |    ++ 0.662000---------------------------+ BPGASR1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Aeromonadale
 |     |                                                                                                      
 | 0.264000--------+ BPGLu1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Legionellales                         
 |                                                                                                            
 |   +---+ BPGCSO1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cellvibriona                                   
 | +-+ 0.898000                                                                                               
 | | +---------+ BPGACT1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                             
 | |                                                                                                          
 +-++0.796000+ BPGE1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Enterobacteral                               
   ||                                                                                                         
   ||+--------+ BPGAII1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                              
   ++|0.684000                                                                                                
    ||+-------+ BPGCTT1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Chromatiales                              
    |||                                                                                                       
    ||| 0.000000BPGCCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cardiobacter                              
    ++|0.020000000                                                                                            
     || +------+ BPGTPC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Thiotrichale                             
     ||                                                                                                       
     ||     +----+ BPGMCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Methylococca                           
     ++ 0.674000072000                                                                                        
      |  ++ 0.600000PGMMM1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Methylococca                           
      |  ||                                                                                                   
      |+-++0.746000----+ BPGAPC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                     
      || |                                                                                                    
      || +------+ BPGMM1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Methylococcal                            
      ++ 0.797000                                                                                             
       | +-----+ BPGAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                             
       | |                                                                                                    
       +-+ 0.918000+ BPGAFF1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                         
         |  |                                                                                                 
         +--+ 0.978000ASS2-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                           
            +----+                                                                                            
                 | BPGASS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                           
                                                                                                              
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 0         0.5            1         1.5                                                                       
 substitutions/site                       
Hope
11 Apr 2021 14:19
Contribution non évaluée

Je viens de me rendre compte que mon arbre contient plusieurs fois le même taxon, cela doit venir d'une mauvaise selection sur taxreport. Je vais tenter de recommencer mais il me semblais bien n'avoir cocher une seule case par espèce... Ou alors j'ai coché des lignes trop générales ?

Hope
11 Apr 2021 14:20
Contribution non évaluée

Je viens de me rendre compte que mon arbre contient plusieurs fois le même taxon, cela doit venir d'une mauvaise selection sur taxreport. Je vais tenter de recommencer mais il me semblais bien n'avoir cocher une seule case par espèce... Ou alors j'ai coché des lignes trop générales ?

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Meglecz20CTES
12 Apr 2021 12:22
Maître de jeu

Bonjour Hope,

 

Les meilleurs hits sont des gammaproteobacteria qui proviennent d’un sous-groupe non déterminé de gamma. Ceci vous empêche de spécifier un groupe taxonomique bien défini, mais plus restreint (un sous-groupe de gamma).
D’autre part, la gamme d'E-valeur des autres gammas est très similaire à ceux des autres proteobacteria non-gamma, ce qui vous empêche de séparer des gammas et des autres classes de proteobacteria.


Ces problèmes viennent partiellement de fait que l’ORF est courte et assez variable. Ceci vous laisse très peu de positions (72) pour la construction de l’arbre phylogénétique.

 

Je vous conseille de tenter une autre séquence. Si vous êtes vraiment coincée dans le temps, vous pouvez continuer avec cette séquence, en choisissant une famille non déterminée des gamma, comme groupe d’étude, mais ceci vous pénalise un peu, car vous ne pouvez pas nommer cette famille.

 

Bon courage,
Emese Meglecz