Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: Choix ORF

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Choix ORF
ElisaM
18 Mar 2021 10:15
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Bonjour,

 

L'orf 1 est-il utilisable sachant que son pourcentage d'indentité sur BLAST est de 88.46% et son E-value de 3e-99?

L'orf 1 est en rouge sur le schéma ce qui correspond à Kwown

 

Cordialement

ElisaM
18 Mar 2021 10:17
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Autant pour moi, en rentrant les valeur de début et de fin d'orf, Annothaton me dit qu'il y a un codon stop dans la séquence

ElisaM
18 Mar 2021 13:08
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Et si L'ORF a un pourcentage d'inentité de 90.16%, peut-il être choisi?

 

AnaisE
18 Mar 2021 13:13
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Annothaton t'indique qu'il y a un codon stop car tu as rentré les 3 derniers nucléotides de ton ORF (qui code le codon stop). Il faut mettre le dernier nucléotide avant cela, donc rentre 498 comme fin au lieu de 501 et ça sera bon.

ElisaM
18 Mar 2021 13:42
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Merci beaucoup!

Du coup annothathon écrit que l'ORF n'est pas complet car il ne commence pas par une méthionine. Je peux continuer d'annoter cette séquence quand même ?

Merci

AnaisE
18 Mar 2021 13:47
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Oui, ce n'est pas grave, c'est courant qu'il ne commence pas par une méthionine, car on choisit l'option "any codon" pour démarrer la recherche d'ORF. Le début de ton ORF est donc légèrement plus loin que celui indiqué par ORF finder. Tu verras peut-être le vrai début en alignant les séquences homologues avec BLAST.

ElisaM
18 Mar 2021 13:52
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Merci pour ton aide, vraiment

AnaisE
18 Mar 2021 14:12
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Je t'en prie, bonne chance !

Meglecz20CTES
19 Mar 2021 12:44
Maître de jeu

Merci, Anaïs!