Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: Ingroup / outgroup

[ Retour aux forums ]
Ingroup / outgroup
logan_moriniere
12 Feb 2021 11:14
Contribution non évaluée

Bonjour,

 

J'essaie de définir mes ingroup et outgroup à partir de mes séquences obtenues à partir de blast.

Domain Phylum Class Order e-value range number of results
Bacteria Proteobacteria Alphaprobacteria Rhodobacterales 5e-109    1e-36 58
Pelagibacterales 6e-84    3e-60

7

  1e-62    1e-36 8
Rhodospirillales 1e-59    9e-37 13
Rhizobiales 2e-42    2e-37 9
Hyphomonadales 5e-40    5e-40 2
Kiloniellales 1e-37    1e-37 4
Caulobacterales 2e-37    2e-37 1
Gammaprotebacteria   1e-65    1e-65 22
Acidiferrobacterales 2e-51    2e-51 4
Chromatiales 1e-45    1e-45 1
    8e-37    8e-37 1
Gemmatimonadetes     2e-38    2e-38 1
Chloroflexi Thermomicrobia Thermomicrobiales 7e-38    7e-38 1

 

A partir de là je ne sais pas quoi faire, ensuivant la FAQ j'aurai voulu prendre les alphaprobacteria mais pour cela il faut des séquences de chaque classe sauf que je n'ai que des représentants des gammaprobacteria.

Ensuite je me suis dit que je devrais reculer et peut-être prendre le phylum des proteobacteria mais les deux autres phyla sont au dessus de mon e-value treshold. Ce qui n'est pas bon.

Devrais-je partir sur un ingroup des alphabprobacteria mais sans outgroup ce qui donnerait un arbre non enraciné ?

Merci

logan_moriniere
12 Feb 2021 15:00
Contribution non évaluée

Update : j'ai augmenté le nombre de séquences homologues sur blast et réajusté la e-value treshold, j'ai trouvé mes groupes. Donc résolu (normalement)

logan_moriniere
12 Feb 2021 15:00
Contribution non évaluée

Update : j'ai augmenté le nombre de séquences homologues sur blast et réajusté la e-value treshold, j'ai trouvé mes groupes. Donc résolu (normalement)

\r\n

Brochier_21
26 Feb 2021 12:15
Maître de jeu

Bonjour,

 

Si vous faites l'hypothèse que les alphaproteobacteria sont le groupe taxonomique d'où provient votre séquence et que l'ensemble des séquences évoluent ~ à la même vitesse, alors vous vous attendez à ce que les evalues et les scores liés à la comparaison de votre séquence avec les séquences d'alphaproteobacteria soient non chevauchant avec ceux observés pour les séquences des autres groupes taxonomiques comme les gammaproteobacteria qui pourraient représenter un groupe extérieur pertinent.

 

Si ce n'est pas le cas, et que les scores et evalues chevauchent entre les groupes taxonomiques, il faut étendre la définition du groupe d'étude pour inclure tous les groupes taxonomiques dont les evalues et les scores chevauchent et redéfinir le groupe extérieur en conséquence.

 

Si au final les evalues et scores de tous les groupes taxonomiques chevauchent, alors vous ne pourrez définir qu'un groupe d'étude constitué de toutes les séquences et pas de groupe extérieur.

 

En espérant que ces explications vous aident

 

Cordialement,

 

Céline Brochier