Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: 1ère analyse

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1ère analyse
carand0224
23 Oct 2019 12:45
Non evaluated contribution

On cherche ORF Finder sur internet. On copie la séquence inconnue sans changer les paramètres prédéfinis. On identifie une séquence d'intérêt et on l'analyse grâce au logiciel.

La séquence d'intérêt est ORF 2 de GOS_8710010.1 car elle

Description ORF :

Label

ORF2

Strand

     -

Frame

      1

Start

  629

Stop

   >3

Lenght (nt/aa)

        627 | 208

Seq nucléotides :

>lcl|ORF2 CDS
ATGAGTTTAAACTCTGGAGGCCATTTAACTCATGGAGCTAAACCTGCTCA
ATCGGGAAAATGGTTTAATGCTTTACACTATGAAGTTGATAAGAAAACAG
GTCTTATAGATTATGAAGGTGTAGAAAGACTTGCAATAGAAAATAAACCT
AAATTAATAATTGCTGGTGGCAGCGCATATTCAAGAATTATTGACTTTAA
AAAATTTAGACAAATATGTGATAAAGTGGGTGCATATCTGCTTGTAGATA
TGGCTCACTTTTCTGGTCTAGTTGCAGGTGGTGCTTATCCAAACCCAACT
AAATACGCTGATGTAGTTACTTCCACTACTCACAAAGTTTTGAGAGGACC
AAGAGGAGGAATAATTCTTACAAATAGAGAAGATTTAATAAAAAAATTTA
ATAGTGCTATATTCCCAGGGTTGCAAGGCGGACCTCTAATGCATGTAATA
GCTGCTAAAGCAGTCTGTTTTAAAGAAGCTCTTTCACCTGATTTTAAAGA
ATATACAAAAAATGTTATTCATAACGCTAAGATTCTATCAGACAGGTTAA
CTGAAAAAGGTTTAAAGATTTTTTCGGGAGGCACTGACACTCATCTAATG
TTAATTGATTTGAGATCATTAGGTGTA

Seq protéines :

>lcl|ORF2
MSLNSGGHLTHGAKPAQSGKWFNALHYEVDKKTGLIDYEGVERLAIENKP
KLIIAGGSAYSRIIDFKKFRQICDKVGAYLLVDMAHFSGLVAGGAYPNPT
KYADVVTSTTHKVLRGPRGGIILTNREDLIKKFNSAIFPGLQGGPLMHVI
AAKAVCFKEALSPDFKEYTKNVIHNAKILSDRLTEKGLKIFSGGTDTHLM
LIDLRSLGV

Select for downloading or viewing reports Description Max Score Total Score Query Cover E value Per. Ident Accession
Select seq CP024964.1

Entomoplasma melaleucae strain M1 chromosome, complete genome

148 148 45% 2e-31 76.66% CP024964.1