Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Sujet de discussion: vérifier la fiabilité d'une annotation

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vérifier la fiabilité d'une annotation
ramonapojar
24 May 2019 10:29
Contribution non évaluée

Bonjour,

"Dans l'ordre des Bacteroidetes, il y a également une e-valeur de 0, mais les autres e-valeurs min et max de l'ordre étant plus élevées que dans le cas des Pelagibacterales, j'ai choisi les Pelagibacterales comme groupe d'étude": Vous pouvez essayer de voir, si l'annotation de ou des meilleurs hits de Bactériodetes sont fiables".

Je ne comprends pas très bien comment je pourrais vérfier si l'annotation est fiable. J'ai regardé dans la description de la protéine sur Blast, ici:

Cela me semble fiable. Mais je ne me sens pas assez compétente pour "évaluer" ce que les autres ont mis. Ou alors je me trompe complètement et c'est pas du tout là qu'on cherche la fiabilité de l'annotation. 

Merci d'avance!

Ramona

Meglecz18CTES
24 May 2019 15:07
Maître de jeu

Bonjour Ramona,


La séquence que vous me montrez ici vient d’un projet metagénomique.  "Flavobacteriaceae bacterium TMED206 (marine metagenome)".

L’annotation de la séquence est donc basée sur les analyses bio-informatique. Toute analyse bio-informatique comporte un risque d’erreur, même si dans la grande majorité les résultats sont correctes.

Bon travail,
Emese Meglecz