Bonjour tout le monde, 
j'ai choisi la classe " Flavobacteriales " comme groupe d'étude et "Flavobacteriia" en groupe extérieur. 
Comment pensez vous que je puisse trouver et séléctionner le groupe extérieur pour reraciner cet arbre ? 
    
             +------+ BBFFFA2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F         
                        +---+ 0.972000                                                                        
                        |   +--------+ BBFFCu2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C       
                      +-+ 0.831000                                                                            
                      | | +-------+ BBF5-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value8e-155-Bacter           
                      | +-+ 0.454000                                                                          
                      |   +---+ BBFFFZ1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F              
                      |                                                                                       
                      |        +--+ BBFFFH1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F          
                      |        |                                                                              
                      |       +++0.942000-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v          
                      |       |++ 0.859000                                                                    
                      |       | 0.735000FF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl         
                     ++ 0.892000                                                                              
                     ||       | +-+ BBFFF2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl          
                     ||     +-+-0.79700000                                                                    
                     ||     | | +-+ BBFFFP1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F          
                     ||     | |                                                                               
                     ||    ++ 0.815000FW1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F            
                     ||    ||                                                                                 
                     ||    |+--------+ BBFFFD1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F       
                     ||    |                                                                                  
                     |+----+ 1.000000+ BBF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value6e-176-Bacter        
                     |     |  |                                                                               
                    ++ 0.294000 0.374000 +--+ BBFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v
                    ||     || |       +--+ 0.974000                                                           
                    ||     || +-------+ 1.000000RGCv2-8311010-Translation-3-1163-direct-strand                
                    ||     ++ 0.847000|                                                                       
                    ||      |         +---+ BBFFCu1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C  
                    ||      |                                                                                 
                    ||      +----------+ BBF4-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value3e-155-Bacter      
                    ||                                                                                        
                  +-+|0.885000+ BBF2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value3e-162-Bacter               
                  | ||++ 0.402000                                                                             
                  | |+++0.859000FE1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                  
                  | | |                                                                                       
                  | | +---+ BBFFFA1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                  
                  | |                                                                                         
                +-+ 0.937000+--+ BBFFFP2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F             
                | | |   +---+ 0.984000                                                                        
                | | +---+ 0.992000BFFCu3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C             
                | |     |                                                                                     
                | |     +------+ BBFFFT1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F             
               ++ 0.836000                                                                                    
               || +-----+ BBFFFC1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                    
               ||                                                                                             
               || +---+ BBF3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value3e-161-Bacter                       
               |+-+ 0.910000                                                                                  
               |  +--------+ BBF6-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value9e-152-Bacter                  
               |                                                                                              
          +----+ 0.529000     +---------+ BBF7-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value2e-130-Bacter     
          |    |             ++ 0.316000                                                                      
          |    |          +--++0.949000 BBFFCB1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C      
          |    |          |  |                                                                                
          |    |          |  +---------+ BBFFCF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C     
          |    |        +-+ 0.357000                                                                          
   +------+ 0.994000    | |   +----+ BBFFCO1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C         
   |      |    +--------+ 0.999000978000                                                                      
   |      |             |     +------------+ BBFFCO2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C 
   |      |             |                                                                                     
 +-+ 0.832000           +----------+ BBFF3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v         
 | |      |                                                                                                   
 | |      +------------------------+ BBFFC1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Ca         
 | |                                                                                                          
=| +--+ BBFFFC3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                                      
 |                                                                                                            
 +----+ BBFFFE2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                                      
 |                                                                                                            
 ++ BBFFFC2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                                          
                                                                                                              
 |-----|-----|----|-----|-----|-----|-----|--                                                                 
 0   0.1   0.2  0.3   0.4   0.5   0.6   0.7                                                                   
 substitutions/site                            

Bonjour Djaber,

Le choix de Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales comme groupe d’étude semble logique, mais dans ce cas vous ne pouvez par choisir des séquences qui sont sûrement Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia non Flavobacteriales.
Dans la ligne Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia, on ne connait pas l’ordre des séquences. Elles peuvent être Flavobacteriales ou d’autres.
Il n’est donc pas étonnant qu’on ne puisse pas séparer le groupe d’étude et le groupe extérieur dans votre arbre.

Je vous conseille d’élargir un peu votre groupe d’étude.

Bon courage,
Emese Meglecz