Bonjour Madame,

J'ai fais l'arbre et je le trouve bizarre ! Ca fait comme si les Flavobacteriia sont polyphylétiques. Il y a 1 très grande partie qui est bien regroupée mais 5 homologues sont répartis à 2 endroits différents. C'est pareil pour les Cytophagia et les Sphingobacteriia ... Est-ce à cause du choix des homologues que j'ai fait ?

Bien à vous !

Laetitia

Sans en être certaine, je pense que le fait que les différents homologues soient mélangés et non pas correctement dissociés, est dû au fait que les Bacteroidetes CFB sont sur le même plan.

Du coup, soit je reste avec ce schéma et je le justifie correctement, soit je change de groupe d'étude et extérieur. En prenant en groupe d'étude les CFB et en groupe extérieur les Chlorobi (Green Sulfur Bacteria).

Est-ce que j'ai vu juste ?

Bien à vous !

Laetitia

Bonjour Laetitia,

La deuxième option me semble un peu plus prudente, car dans votre arbre actuel il n’y a pas moyen de séparer le Flavobacteriia et le groupe extérieur. Sauf erreur de ma part, vous avez oublié d’ajouter l’ORF dans l’arbre.
N’oubliez pas non plus que vous avez au moins 1 séquence de protéobactérie avec une bonne E-valeur.

Bon travail,
Emese Meglecz