Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Taxons et groupes intérieurs/extérieurs

[ Return to forums ]
Taxons et groupes intérieurs/extérieurs
GRP1_GESTIN
2 Apr 2018 16:25
Non evaluated contribution

Bonjour,  

Je suis en train de trier mes séquences alignés contre la base NR en fonction de leur groupe taxonomique. Cependant l'alignement ne m'a donné que 76 séquences et le tri taxonomique a rassemblé les séquences de homologues dans le même groupe Euryarchaeota. De coup je ne vois pas trop comment je suis censé établir un groupe extérieur conséquent pour mon analyse Phylogénétique. 

Si quelqu'un a une idée je suis preneur. 

 

  Phylum Class Order e-value range number of results
Archea Euryarchaeota     0,0 - 1e-4 39
Candidatus Thalassoarchaea   6,00E-135 2
Thermoplasmata Thermoplasmatales 1E-7 - 1E-6 3
Halobacteria Halobacteriales 8e-4 - 8,3 15
Natrialbales 0,22 2
Thaumarchaeota     0,080 - 5,1 3
Crenarchaeota Thermoprotei Desulfurococcales 1,9  
Bacteria Bacteroidetes Flavobacteriia Flavobacteriales 0,001 1
Proteobacteria Deltaproteobacteria   0,068 2
Nitrospirae Nitrospira Nitrospirales 0,99 2
Actinobacteria Actinobacteria Actinomycetales 2,6 2
Proteobacteria Gammaproteobacteria Legionellales 6,6 3
Eukaryota Dictyostelids     8,4 2
GRP1_HEURTEL
2 Apr 2018 16:32
Non evaluated contribution

Ça m'est aussi arrivé pour mon alignement 1…

En fait il est dit dans la règle du jeu que si nous avons moins de 100 séquences homoologues c'est par la peine de continuer.

Du coup pour ma part j'ai pris deux trois séquences par si par là et j'ai obtenu… un bonzaï ^^

GRP1_GESTIN
2 Apr 2018 16:41
Non evaluated contribution

Arf c'est bien dommage...

Merci en tout cas ;-)